菌痢临床表现为腹痛、腹泻、里急后重、排脓血便，伴全身中毒等症状。婴儿对感染反应不强，起病较缓，大便最初多呈消化不良样稀便，病程易迁延。3岁以上患儿起病急，以发热、腹泻、腹痛为主要症状，可发生惊厥、呕吐。志贺氏或福氏菌感染者病情较重，易出现中毒型痢疾，多见于3-7岁儿童。人工喂养儿体质较弱，易出现并发症。
(1)急性菌痢按临床表现分为4型，即普通型、轻型、重型和中毒型。
①普通型:急性起病，体温达39℃ -40℃，伴有恶心、呕吐、腹痛、腹泻症状。每日大便10-20次，初为稀便或呈水泻，继呈脓血便，左下腹压痛伴肠鸣音亢进，里急后重明显。如能及时治疗、可于数日内痊愈。
②轻型:较普通型全身毒血症状和肠道症状表现轻，里急后重等症状不明显，易误诊为肠炎或结肠炎。
③重型:高热、呕吐、腹痛、里急后重明显，排脓血便，每日达数十次，严重者出现脱水和酸中毒症状。
④中毒型:此型多见于3-7岁儿童。起病急剧，体温迅速升至40℃ 0-41℃，伴有头痛、畏寒、惊厥或循环障碍等症状。本病常无上呼吸道感染症状。胃肠症状也不严重，且多在出现惊厥后6-12小时才发生。中毒型多表现为以周围循环衰竭为主的休克型;以脑水肿与颅内压增加等脑部症状为主的脑型，以呼吸与循环衰竭同时存在为主的混合型。
a.休克型:早期患儿面色灰白，口周青紫，肢端发冷，指趾甲苍白，心率和呼吸增快。随病情发展，面色变灰，指趾甲、口唇发绀，皮肤发花，心率每分钟达160次以上，心音低钝，脉细弱，意识不清。晚期伴心力衰竭、休克肺、DIC(播散性血管内凝血)等。
b.脑型:多见于学龄前儿童，乳儿和学龄儿童相对少见。患儿初起意识清醒，突然出现惊厥、四肢抽动，两眼上翻。严重者反复出现。开始每次惊厥后意识尚清，以后逐渐萎靡、烦躁或嗜睡，直至昏迷。患儿面色灰白，且体温越高面色越灰，神经症状也越重。脑水肿、脑病可引起呼吸衰竭，则治疗较为困难。因此若见患儿面色发灰、心率相对较缓及反复惊厥，都是颅压增高的征兆，要积极处理，以防呼吸衰竭发生。
菌痢有脑水肿时，眼底改变并不明显，不能以此来判断有无脑水肿。
C.混和型:脑型和休克型表现同时存在，病情更严重。
(2}迁延性菌痢 病程在2周-2个月之间，系急性菌痢迁延不愈之故。病人常无高热、腹痛或中毒症状，只表现为腹部不适、食欲不佳、大便次数多，有时脓血便和黏液便交替出现。便培养阳性率低于急性期。
(3}慢性菌痢 病程在2个月以上。由于急性期治疗不及时，或因患儿体质弱、营养不良、佝偻病、寄生虫、贫血等合并症所致，也可因耐药菌株引起。除腹泻外，其他症状不典型。病程久者可出现消瘦、乏力、轻度贫血等现象。