推拿在清代(1644～1911年)处于缓慢发展期。清代太医院将医学分科归并为九科，不设按摩科。除了正骨科采用推拿手法治疗和个别医家在医疗活动中结合运用推拿手法外，推拿基本上是在民间生存和发展。
以“正骨八法”为代表的骨伤类尹法在正骨科中确立了地位。清代的太医院教科书《医宗金鉴》对正骨手法作了全面总结：“夫手法者，谓以两手安置所伤之筋骨，使仍复于旧也。但伤有轻重，而手法各有所宜。其痊可之迟速，乃遗留残疾与否，皆关乎手法之所施得宜，或失其宜，或未尽其法也。盖一身之骨体，既非一致，而十二经筋之罗列序属，又各不同，故必素知其体相，识其部位，一旦临证，机触于外，巧生于内，手随心转，法从手出。或拽之离而复合，或推之就而复位，或正其斜，或完其阙，则骨之截断、碎断、斜断，筋之弛纵、卷挛、翻转、离合，虽在肉里，以手扪之，自悉其情。法之所施，使病人不知其苦，方称为手法也。”“是则手法者，诚正骨之首务哉”(《正骨心法要旨·手法总论》)。文中提出的“法之所施，使病人不知其苦，方称为手法也”的手法要求，不仅针对正骨手法，也适用于所有推拿手法。对手法为“正骨之首务”的论述，确立了推拿手法在正骨科的地位。
《医宗金鉴》还详细论述了摸接端提推拿按摩正骨八法。这是对正骨手法的首次科学总结。其中的摸法为诊断手法，又称扪诊、摸诊或触诊。接、端、提主要是骨折整复手法；推拿、按摩主要是软组织手法。《医宗金鉴》对“筋”(即软组织)病的观察与分类，对骨病的描述和“骨缝开错”理论的提出，对推拿医学的发展有很大的指导意义。对于脊柱错骨缝(后关节紊乱)，《医宗金鉴》主张先手法放松软组织，再行按脊复位手法，并配合药物内服外敷：“当先揉筋，令其和软；再按其骨，徐徐合缝，背膂始直。内服正骨紫金丹，再敷定痛散，以烧红铁器烙之，觉热去敷药，再贴混元膏。”(《正骨心法要旨·背骨》)
《医宗金鉴》对正骨手法理论和方法的总结，对清代以后的正骨推拿流派的形成有重要意义。
这一时期小儿推拿疗法从南方向全国辐射，逐步被一些儿科医家所接受，治疗的病种扩大，手法渐多，小儿推拿著作的数量明显增加。质量较高者有《推拿广意》[清·熊应雄辑，陈世凯(字紫山)重订]、《幼科推拿秘书》(骆如龙撰，骆、民新抄订)、《幼科铁镜》(夏鼎撰)、《保赤推拿法》(夏云集编)、《推拿小儿全书》(徐宗礼著，其中三字句歌诀体部分被后人称为《推拿三字经》，图1—1—8)、《厘正按摩要术》(张振鎏编，图1—1—9)等。清代其他医籍，如吴师机的《理瀹骈文》、陈士铎的《石室秘录》、刘闻一的《捏骨秘法》也有一些关于推拿的记载。
