明代是推拿按摩再度发展的时期。明初按摩科重新合法化，当时的太医院有十三科，分别为大方脉、小方脉、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、接骨、伤寒、咽喉、金镞、按摩和祝由。但在兴旺了200多年后，至1571年，按摩科再次被政府取消。此后，推拿按摩朝着三个方向分化：一是以正骨手法的名义寄生于正骨科；二是改称推拿，治疗小儿疾病；三是在理发沐浴业求生存。小儿推拿原来是流传于江南的一种民间疗法，最初用于治疗小儿惊风。
“推拿”一词最早的文献记载，是见于明安徽张四维(字国本)的《医门秘旨》(图1—1—6)。该书成书于1576年。书中有一部分小儿推拿的内容，并且绘有“推拿掌法图”。由于此书在中国大陆早已失传，因此中医目录学对张四维和《医门秘旨》均无著录。所幸此书现藏日本东京，近年得以重返祖国。“推拿”一词的早期记载还见于明万全的《幼科发挥》(成书于1579年)。书中有一则医案出现了“推拿”一词。
最早的小儿推拿专题文献是庄应琪于1574年补辑的《补要袖珍小儿方论》第10卷中的“秘传看惊掐筋口授手法论”。小儿推拿最早的专著是《小儿按摩经》，收录于杨继洲1601年刊行的《针灸大成》，作为其独立的第10卷。成书年代约在1574年《补要袖珍小儿方论》成书以后，至1601年《针灸大成》刊行以前。明代重要的小儿推拿著作还有：《推拿秘旨》，黄贞甫1620年原著(清代徐赓云1810年重编，收入《味义根斋偶钞》)；龚居中撰《幼科百效全书》，卷上专论小儿推拿疗法，卷名题“幼科急救推拿奇法”(图1—1—7)。还有李盛春于1626年汇辑的《医学研说》，卷十专论“小儿推拿”。
保健按摩方面，王廷相的《摄生要义》有“按摩篇”，除了论述自我养生按摩，还记载了一套全身保健按摩操作法——“大度关”法。大度关法亦收入明代蒋学成的《尊生要旨·按摩篇》。保健按摩在明代已经流传于沐浴、理发行业。