宋代的太医局取消了按摩科。《宋史》载有推拿按摩专著《按摩法》和《按摩要法》，惜亡而不传。北宋王怀隐编撰的《太平圣惠方》对膏摩、药摩方作了系统收集，其数量约近百首，远远超出了《千金方》和《外台秘要》，摩顶、摩腰膏得到重视，出现了铁匙等膏摩工具，膏摩应用向专病发展，眼疾的膏摩法首次提及。膏摩的操作也趋向细腻化。《圣济总录》是北宋末年又一部大型官修方书。该书第4卷治法篇有按摩疗法专论。作者认为不应当将按摩与导引混为一谈，并认为应进一步区分“按”与“摩”。按为单纯用手法，摩则可以结合药物。按摩有助于药力的发挥。对按摩的功用，则以“开达抑遏”四字来概括。该书还汲取了宋代以前道家养生学派的精华，编成一套养生按摩套路，称为“神仙导引”。这是当时最为系统的养生按摩套路，对后世的“八段锦”、“十二段锦”等套路的自我按摩功法深有启迪。
宋代杨康侯(字子建)于1098年著《十产论》。主要内容被宋代陈自明的《妇人大全良方》(成书于1237年)保留了下来。其中处理横产、倒产、偏产等胎位异常性难产的转胎手法，扩大了推拿按摩的应用范围，开按摩助产之先河，至今仍有实用价值。文献还有宋代名医庞安时以按摩助产的记载。
金元时期，张从正的《儒门事亲》将按摩归人“汗法”，并以按摩法治疗小儿腹内弦索状痞块，还有以木梳通乳等按摩治病记载。朱丹溪继承了唐宋以膏摩法治疗腰部疾病的经验，在《丹溪心法》中推出一首摩腰膏，其成分为附子、乌头、南星、朱砂、干姜、雄黄、樟脑、丁香、吴茱萸和麝香，制成药丸，烘热后掌摩腰部，主治老人、虚人腰痛。此方后世流传极广，明代的《证治准绳》、《明医指掌》、《玉机微义》等书都相继记载推行摩腰膏。清代徐大椿在《兰台轨范》中说：“有人专用丹溪摩腰方治形体之病，老人虚人极验，其术甚行。”
元代危亦林的《世医得效方》(1337年刊行)，在骨伤手法的运用上有所创新。如以双人动态牵引法治疗腰痛，以倒悬自重牵引复位法治疗脊柱骨折和髋关节脱位等。元代的张廷玉(太医院使)擅长挢引按摩，名医项昕得其所传。