气功发展中存在的问题，也是显而易见、不容回避的，这些问题涵盖了学科建设、管理措施、人才培养、科研水平等诸多方面。其结果导致了气功核心竞争力的弱化，气功学科亟待发展。
学科建设滞后
在经历了两次发展高潮的洗礼后，气功学科的框架基本形成。其主要标志是，气功医院、门诊部等医疗机构的建立，包括本科生、博硕士研究生在内的气功教育体系的形成及规划教材的出版，专业研究所、研究室等科研单位的设置等，国家及地方性的健身气功管理中心的设立，中国医学气功学会、世界医学气功学会、中国健身气功协会的合法注册与运行。
但学科建设滞后的问题仍然比较突出，如“软件”方面有：气功的内涵与外延不明，医学气功与健身气功的界定不清，气功学术活动、尤其是正常学术争鸣的不足与弱化；“硬件”方面有：气功专业机构数量少、规模小，从业人员数量不足、年龄断层、结构失衡。凡此种种，使气功学科建设不仅大大落后于其相关学科，而且也与人们对气功的要求、想往不相符合；瑜伽等“舶来品”在国内较快发展的现实，则从另一角度反衬出气功学科建设落后的窘地。
管理措施不全
任何活动广泛、正常的开展，必须以严格、周全的管理作保障，气功也不例外。回顾近几十年来的气功管理，似乎可以用“救火式”与“保姆式”来形容。始于上世纪70年代末的第二次气功高潮，其发展的速度之快，涉及的地域之广、人员之多是前所未有的，在管理部门尚未作出相应的反应之时，气功高潮已经在华夏大地规范兴起，这就直接导致上世纪七八十年代气功活动几乎完全处于自发性、无序性状态，八十年代中后期开始，管理部门针对气功活动中出现的问题进行“救火”。如针对一段时间内气功无证行医活动的出现，国家中医药管理局于1989年11月发布了《关于加强气功医疗管理的若干规定》，以规范气功的医疗活动；针对商业性气功活动的出现，工商、税务、物价管理部门也先后就这三个方面出台了相关的管理办法。但这些被动式、“救火式”管理的效果并不理想，管理者与被管理者之间“猫捉老鼠”式的游戏屡见不鲜，以致李洪志之流打着气功之名，大行反科学、反人类、反社会、反政府之实，对气功事业的发展造成了严重的危害。
本世纪对健身气功的管理则完全是“保姆式”的，国家体育总局发布的《健身气功管理办法》，对健身气功的定义、功法审批、活动站点建立、从业人员资质等，进行了全方位的规范。从结果来看，该办法对气功活动的“拨乱反正”确实起到了作用，但随之出现的是气功参与人员不足，以致国家对气功的投入与人民群众受益的“投入产出比”失衡，气功对人们养生保健、防病治病所起的作用有限。故这两种管理模式实际上都不理想，或者说都不完全符合气功学科发展的特点。此外，现行“医学气功由卫生部门管、健身气功由体育部门管”的分工管理制度，其不足之处也是显而易见的。以笔者之见，借鉴其他学科的经验，通过加强行业规范建设，政府管理部门与行业协（学）会的“齐抓共管”模式，值得一试。
专业人才匮乏
由于笔者对健身气功的现状不是很了解，故这里所说的人才匮乏，主要针对医学气功而言。目前，国内成规模的医学气功机构有河北省气功医院、上海市气功研究所、北京中医药大学气功教研室、中国中医科学院西苑医院气功科等。但即使在这些单位，人才匮乏问题也很突出，主要表现为：
一是人员总数不足，上述四家单位（部门）中教研室、科室人员都在10人以下，医院、研究所的人员总人数虽不少，但真正工作在气功一线者也十分有限，大致也各在10人以下，其他的中医医院大多没有气功的专职编制，从业人员基本以兼职为主。乐观地估计，目前全国气功专业人员的总数在50人上下，这样一支人数不足的队伍，要承担起传承、弘扬气功学术的任务，实在力不从心。从这个角度来说，甘肃省卫生厅号召医务人员学习真气运行法，有着非常重要的现实意义。如果学习的内容由真气运行法扩大为整个气功的基础理论、基础功法等的话，其意义将更大。
二是领军人才的缺乏，据不完全统计，目前一线气功从业人员中具有教授、研究员、主任医师等正高级职称者不足10人，其中博士生导师只有北京中医药大学的刘天君一人。这一现状势必影响气功学科的可持续发展，好在上世纪两次气功高潮的主力军和领军人物大多还健在，如河北省气功医院的“四大金刚”张天戈、赵宝峰、李春才、田宏计，北京的宋天彬，上海的张文江、王崇行、柴剑宇，浙江的刘元亮等，如能从现在起，就为他们配备得力的助手，抓紧对其经验的传承，完全有可能在较短的时间内取得较好的成效。
科研水平不高
气功的科学研究起步较晚，从上世纪５０年代的首篇气功论文算起，至今不过五十多年，故基础差、经验少；加上近十年来立项难、经费申请难、论文发表难，及其人员不足等原因，使气功科研整体水平的提高十分缓慢，近年在高级别期刊上发表的论文十分稀少。每年能在中国中文核心期刊上发表的论文不足10篇，在更高级别期刊上发表的气功论文则更是屈指可数；在各种学术会议上交流的气功论文，也基本以数量不多、亮点不多为特征。而科研水平的不高，就会导致气功核心竞争力的不足，甚至还会影响到人们对气功科学性的认识。
加强人员培训、组织专项攻关等措施，可能是缓解燃眉之急的有效方法。上海市高血压研究所在几十年中积累的经验值得借鉴，他们的前瞻性设计、大样本观察、几十年连续性跟踪等方法，几近循证医学的要求，故其研究结果至今未见提出异议者。