气功是否等同于外气的争论是气功史上最为激烈的争论，尤其是误将外气等同气功时，对气功学的打击几乎是致命的。
那种“呼风唤雨”、“点石成金”、“穿越时空”、“预测吉凶”的能耐与气功无关。气功只能为长寿加码、为健康增色，不能使人变为“超人”。
对气功的争论，由来已久，甚至可以说争论贯穿于气功的整个发展过程。既有学术之争，也有学术以外的争论；不同的争论，对气功的意义也大相径庭。争论的主要内容大概有以下几个方面。
动静之争
由于气功功法有动静之分，围绕动、静优劣的争论由来已久。主静的有庄老之说、孔子师徒的静坐、《内经》倡导的“恬惔虚无”、佛门的禅定、道家的周天等；主动者有《吕氏春秋》的“流水不腐”、《内经》的导引按蹻等理论，也有五禽戏、八段锦、易筋经等功法。这种纯学术之争极大地推动了气功的发展与提高，“宜动者静，宜静者动”的动静结合观几乎被所有人所接受，且使气功在理论与实践上与中医养生学融为一体，这些都有很好的例证。
上世纪五六十年代，是气功发展的一个高潮，期间的功法似乎“主静”占上风，河北早期推出的内养功及稍后的强壮功等，上海的三线放松功，以及因是子静坐法等均属静功。
值得一提的是，上世纪五十年代还首次出现了“动静”之外的学术争鸣。资料显示，当时《中医杂志》发表的一篇论文就《气功疗法实践》与作者刘贵珍提出了“商榷”，如气功的定义、气功作用原理的假设等，虽未见刘氏的应答，但从实际情况来看他接受了论文作者的一些观点，《气功疗法实践》再版时对气功定义的修正就是一个实例。
时至八九十年代，学者就气功的“动静”又一次展开了争论。其起源可能与张文江等的《生命在于静止——中国传统气功养生原理真谛》（山西人民出版社，1989年），该书将气功养生的“真谛”归纳为静，不但为“主动派”所难以接受，而且与深入人心的“生命在于运动”一说相悖，故对这一争论关心的人远不止气功界。为此，《上海中医药杂志》在1990年～1992年间，连续发表相关文章，就气功中的“动静观”展开辩论。尽管这一争论最后并没有形成“标准答案”，但它和五六十年代的争论一样，争论双方的本意都是热爱气功、关心气功，所以争论的结果对气功学术的发展起到了积极的引领作用。
外气之争
关于气功外气的争论，可能是气功史上最为激烈的争论，且这一争论仅见于现代。气功“外气”，古称“布气”，始见于晋代。古人的解释是：“学道养气者，至足之余，能以气与人……谓之布气。”即认为这是练功有素者，将自身“多余”的气给予他人，故被现代人称为“内气外放”，简称“外气”。
历代气功文献中的“布气”均呈“散见”状态，上世纪五六十年代则未见此说，它的兴起则是从七十年代末开始的。1978年《自然杂志》自其创刊号开始，连续发表了上海等地学者关于外气研究的多篇论文，引起了广泛的关注，“外气热”也由此形成并迅速升温，以至于在相当一段时间内“外气”几乎成了气功的代表，“外气=气功”、“气功=外气”的观点被广大群众所广泛接受。
然而，关于外气的争论也随之而来并延续至今，且其“热度”也始终随外气热的变化而波动。带功报告、外气2000公里超远距离对物资分子作用的研究、外气参与扑灭大兴安岭森林大火、气功成功预测卫星发射等报道的发表，使“外气热”及其争论达到了顶峰。
对外气争论的焦点主要有两个方面，一是外气到底是否存在？二是外气到底有多大的作用？前者在“正”（相信外气）、“反”（不相信外气）双方之争；后者则是“正方”内部的争论。与上述关于气功的动静之争不同，由于外气不是气功学术的“主体”，它不能代表气功，因此这一争论总体上对气功学术的发展弊大于利，尤其是误将外气等同气功时，对气功学的打击几乎是致命的。
作用之争
气功有没有作用？气功的作用到底有多大？这是争论的又一个焦点。综合各方观点，对气功作用的观点大致可以分为三种：第一种是“一概肯定”——不恰当地夸大气功的作用，把它说得神乎其神、无所不能，发表这种观点者看似善意，但其结果是“拔苗助长”、有害无益。第二种是“一概否定”——任意贬低、甚至诋毁气功的作用。值得一提的是，无论是铁杆“肯定”派，还是坚定的“否定派”，其中有许多人根本就没有接触过气功，他们全是凭着自己的固有知识及对气功的丰富想象，而发表各自想当然的“高见”，于是“你方唱罢我登场”，“吉祥文字诉短长”，其结果往往将“争论”演变成“闹剧”，对气功的研究与发展有害无益。第三种是笔者及多数医学气功者的态度，认为气功是有作用的，但气功的作用并不是无限的，而是有限的。以医疗为例，对极少数病证气功可以扮演主角的角色，但在多数情况下，它只能处于从属与辅助的地位。
气功的作用主要在于发掘人体固有的潜能，那种“呼风唤雨”、“点石成金”类的能耐即使有也与气功无关；至于“穿越时空”、“预测吉凶”类的词语，或为小说家之想象，或为人们美好的愿望，与气功也无关系。气功对人而言，只能起到为长寿加码、为健康增色的作用，不能使人变为“超人”。因此，关于气功作用的争论，实际上也已超出了学术的范围。
学科之争
有些人虽认可气功有作用，但否认它是一个独立的学科，而是心理学或体育的一部分。究其原因，与这些人对气功的了解并不全面有关，他们或是只注意到气功的调心，从而断定其为心理疗法，或是只看到气功的调身，从而认为它是体育的一种。此外，还有人把气功划归为瑜珈、行为医学的范畴。这与在一段时间内，人们只看到气功的调息作用而将它定义为呼吸锻炼一样，犯了“小视野”的毛病。
事实上，气功与上述之心理学、体育、瑜珈、呼吸操等有着本质的区别，无论是理论还是操作，气功的民族色彩、中国特色、三调融一，以及与心理学等的源于西方、三调缺失等的情形完全不同。至于它们之间的互相借鉴那是学科发展过程中的必然，与学科的归属无关。这就像虽然宗教著作中保存了大量可靠的气功文献、许多宗教人士也在练功，但我们不能就此将气功与宗教画上等号一样。对学科的划分与归属，要从理论、方法、操作、功能等内涵入手，而不能只凭一招一式或只言片语