《内经》中的精气学说
精气学说产生于先秦。管子认为：凡物之精，此则为生。下生五谷，上为列星；流于天地之间，谓之鬼神；藏于胸中，谓之圣人；是故名气……指出作为物质的精气，结合起来就产生万物。“人之生，气之聚气，聚则为生，散则为死……故曰通天下一气耳。”庄子认为无形物质是有形物质的本源，万物都经历从无到有的过程，“无中生有”的本源在于精气。庄子这种生死“气化”的观点含朴素的唯物论元素。《内经》“气合而有形”的生命观，有道家思想的痕迹。
《内经》认为生命活动是“气”在体内运动变化的外在表现，并从气的存在方式、运行模式和作用机制等多个层次，建立了中医学特有的病机理论。《素问·举痛论》曰：“余知百病生于气也，怒则气上，喜则气缓，悲则气消，恐则气下，寒则气收，炅则气泄，惊则气乱，劳则气耗，思则气结。”提出不同致病因素或通过改变气的存在状态；或影响气的多少，导致疾病发生的病机理论。
道家的精气学说是《内经》“气”学说的滥觞，《内经》气相关的病机理论经过后世医家的发挥，逐渐演变成为中医病机理论的基石。宋元以降，脏腑病机、气血病机、经络病机等病机理论日臻完善，从根本上说，这是得益于《内经》的精气病机学说。
《内经》中的阴阳五行学说
阴阳五行学说首先由阴阳家提出，但被稷下派道家所借用，经管子等人的大力倡导，道家形成用五行盛衰推衍天道及人事变化的世界观和方法论。这种唯物主义的哲学使中医摆脱神学的束缚，促进了中医与巫神的决裂，导致了医学概念的产生、医学理论框架的建立和中医知识的系统化。反映在《内经》的病机理论中，则是以脏腑的五行生克规律和天地五运六气之变，来推演人体疾病的发生、发展与变化过程。
阴阳失衡的发病观。《内经》借用阴阳概念，用以阐释人体的生理病理现象，认为生理情况下，人体内阴精与阳气之间存在着相互为用的依存关系。即：“阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也。”阴阳之间相对的协调平衡，是维持“阴平阳秘，精神乃治”生理状态的前提。阴阳失常可引起疾病的发生，如《素问·生气通天论》说：“阳气者，烦劳则张，精绝，辟积于夏，使人煎厥。”
阴阳盛衰的病机观。《内经》认为人体阴阳的运动必须符合天地阴阳的运动变化规律。《素问·四气调神大论》云：“阴阳四时者，万物之终始也，死生之本也。逆之则灾害生，从之则苛疾不起，是谓得道。”如果人体阴阳出现偏盛偏衰，会造成疾病的发生，出现“阳虚则外寒，阴虚则内热，阳盛则外热，阴盛则内寒”，“阴胜则阳病，阳胜则阴病。阳胜则热，阴胜则寒”（《素问·阴阳应象大论》）等。
五行生克之传变规律。五行生克乘侮的推演是道家用以解释各种自然和社会现象的主要工具，认为事物运动变化的内在机制，是其内部存在着相互制约和相互促进的两种因素。《内经》在建立疾病传变理论时，借鉴了这种说理模式，首先依据五脏的生理特点将其分属于五行，然后按照五行生克原理，建立了一套独特的病机传变理论，《灵枢·玉机真藏论》曰：“五脏受气于其所生，传之于其所胜，气舍于其所生，死于其所不胜。病之且死，必先传行，至其所不胜，病乃死。此言气之逆行也，故死……黄帝曰：五脏相通，移皆有次。五脏有病，则各传其所胜，不治。”认为五脏疾病可以从其子脏感受病邪，并将病邪传递给其所克之脏，病邪容易滞留于其母脏，当病邪传至克己之脏时则病势凶险，这种病机传变理论与临床实际情况基本一致。
《内经》中的“天人合一”观
“天人合一”是中国古典哲学的根本观念之一，认为人与自然是息息相通的一体，一切人事均应顺乎自然规律，达到人与自然的和谐。老子说：“人法地，地法天，天法道，道法自然（马王堆出土《老子》乙本）。”表明人与自然是一致、相通的。
《内经》反复强调人“与天地相应，与四时相副，人参天地”（《灵枢·刺节真邪》），“人与天地相参也”（《灵枢·岁露》、《灵枢·经水》），“与天地如一”（《素问·脉要精微论》）等，认为独立存在的“天”，与作为世界主体的“人”，有着统一的本原，一致的属性，相似的结构，相同的规律。基于这种朴素的认识，《内经》从时间和空间等多个角度，分别构建了“天人合一”的病机理论。 《内经》中的时间观念。疾病与年份的关系。体现在《内经》的运气学说之中，在王冰补入的七篇大论中，有大量关于运气影响疾病的内容，如：《素问·五常政大论》云：“少阳司天，火气下临，肺气上从……大暑以行，咳嚏、鼽衄，鼻窒日疡，寒热胕肿。……阳明司天，燥气下临，肝气上从……胁痛目赤，掉振鼓栗，筋痿不能久立……太阳司天，寒气下临，心气上从……心热烦，溢干、善渴、鼽嚏、喜悲数欠，热气妄行，寒乃复，霜不时降，善忘，甚则心痛。”等。
疾病与季节的关系。《素问·金匮真言论》曰：“故春气者，病在头；夏气者，病在脏；秋气者，病在肩背；冬气者，病在四肢。故春善病鼽衄，仲夏善病胸胁，长夏善病洞泄寒中，秋善病风疟，冬善痹厥。”总结了一年四季的好发疾病，描述了季节与疾病谱间的关系。
疾病与天气月相的关系。《素问·八正神明论》云：“是故天温日月，则人血淖液而卫气浮，故血易泻，气易行；天寒日阴，则人血凝泣而卫气沉。月始生则血气始精，卫气始行；月郭满则血气实，肌肉坚，月郭空，则肌肉减，经络虚，卫气去，形独居，是以因天时而调血气也。”提出随天气的寒温和月亮的盈亏变化，人体会发生“肌肉减，经络虚，卫气去”等病理改变。
疾病与日期的关系。素问·藏气法时论》曰：“肝病者，愈在丙丁，丙丁不愈，加于庚辛，庚辛不死，持于壬癸，起于甲乙。肝病者，平旦慧，下晡甚，夜半静。”详细论述了疾病随日期、时辰而发生变化的规律，
疾病与时辰的关系。《内经》认为，在生理上人体阳气可以随自然界阴阳盛衰的变化而变化，如“平旦阳气生，日中阳气隆”，那么在病理状态下就会有“旦慧，昼安，夕加，夜甚”的规律，这是时辰与疾病关系的具体体现。
《内经》中的空间观念。《素问·异法方宜论》：“故东方之域，天地之所始生也。鱼盐之地，海滨傍水，其民食鱼而嗜咸……其病皆为痈疡，其治宜砭石……西方者，金玉之域，沙石之处，天地之所收引也。其民陵居而多风，水土刚强，其民不衣而褐荐……其病生于内，其治宜毒药。……北方者，天地所闭藏之域也。其地高陵居，风寒冰冽，其民乐野处而乳食，脏寒生满病，其治宜灸焫……南方者，天地所长养，阳之所盛处也。其民嗜酸而食胕，故其民皆致理而赤色，其病挛痹，其治宜微针……中央者，其地平以湿，天地所以生万物也众。其民食杂而不劳，故其病多痿厥寒热。”说明东、南、西、北、中央五方的地理环境、自然气候的差异，以及人们生活作息习惯的不同，对人体生理活动和疾病发生会产生重大影响。