子午流注即按气血运转之时间确定穴道。时间为天千(甲乙丙丁戊己庚辛壬癸）与地支（子丑寅卯辰巳午未申酉戍亥）所组成，即“甲子、乙丑、丙寅、丁卯……壬戍、癸亥"共60甲子，用以编年、月、日、时。子午流注按时取穴以甲子为依据，产生了各种门户，其最主要者有二：一为按甲子之天干按穴法，亦称纳甲法；一为按甲子之地支取穴法，亦称纳子法。道医对此二者均有运用，简介如下：
子午流注纳甲法：
子午流注纳甲法传说早在南北朝即已产生。金时何若愚《子午流注针经》为现存最早之子午流注专著，提出了按时日循经取穴之准则："十二经络各至本时，皆有真假邪正之气，注于所括之穴。所谓得时谓之开，失时谓之合，气开当补泻，气闭忌针剌。”该书列出《针经井荥歌诀》等，对纳甲取穴有具体阐明。明代徐凤著《针灸大全》，对何若愚氏之阐明有所概括与开展，徐氏《论子午流注之法》云："夫子午流注者，刚柔相配，阴阳相合，气血循环，时穴开阁也。何故子午言之？曰：子时一刻，乃一阳之生，至午时一刻，乃一阴之生。故以子午分之而得乎中也。流者，往也；注者，住也。”他阐明子午流注之原理为："天干有十，经有十二：甲胆、乙肝、丙小肠、丁心、戊胃、己脾、庚大肠、辛肺、壬膀胱、癸肾，余两经三焦、包络也。三焦乃阳气之父，包络乃阴血之母，以二经虽寄于壬癸，亦分源于十干。每经之中，有井、荥、俞、经、合，以配金、水、木、火、土……阳经有原，遇俞穴并过之，阴经无原，以俞穴代之。”对流注取穴指出："人每日一身周流六十六穴，每时周流五穴。相生相合者为开，则剌之。相克者为阎，则不剌。阳生阴死，阴生阳死，凡值生我、我生乃相合者，乃气血生旺之时，故可辨真假刺之。克我、我克乃阇闭之时，气血正值衰绝，非气行未至，则气行已过，误剌妄引邪气，其害非小。”徐氏编有《子午流注逐日按时定穴诀》，按天干十日逐日阐明取穴办法，以便习者记诵。子午流注纳甲法简表如下：
子午流注纳子法
子午流注纳子法，亦称纳支法，是依据每日气血输注十二经的地支时辰，某经病症之真假，合作五行相生相克而取穴看病之法。此法为明代高武所创。高氏以为子午流注纳甲法有不足之处，如拘泥于某日某时某穴开，百病皆针灸此开穴，并不恰当。他的办法是首先应据病辨明所属脏腑经络，然后依据“虚则补其母、实则泻其子〃，选定穴道，最终决议选用该经该穴的开穴时辰，进行医治。
纳子法首先应清晰气血流注时辰的道路，气血于寅时由肺经流注，卯时至大肠经，辰时至胃经，巳时流至脾经，午时流注心经，未时流注小肠经，申时流至膀胱经，酉时至肾 经，戍时注心包经，亥时流注三焦经，子时流注胆经，丑时流注肝经，寅时再至肺经，如此十二时辰，周流不息。如为实证，则取本经“五行〃之子穴泻之。如肺热实证，肺属金，金生水，取其子穴水尺泽泻之。虚证取本经“五行〃之母穴补之，如肺虚咳喘，肺属金，土生金，取太渊（土）穴补之。即迎其经之盛取子穴泻之，随其经之虚，取母穴补之。其法较简明而效显。有《十二经纳地支歌》便于回忆：
肺寅大卯胃辰宫，脾巳心午小未中，
申膀酉肾心包戍，亥三子胆丑肝通。