大多数病人在按摩后都会感觉到轻松愉快，病痛有明显的减轻。按摩后局部出现充血，皮肤温度升高都属于正常的现象，有的人甚至会出现青紫的瘀斑。穴位按摩后患者体内会发生一系列的生理、病理性变化，表现为神经系统的兴奋或抑制，经络的放射性传导，气血的运行，细胞和组织的新陈代谢，内分泌系统的分泌加强，胃肠道的蠕动加快，肌肉的紧张与放松等。对病人来说，穴位按摩是一项被动运动，有疲劳感是正常的。
在穴位按摩治疗中，有时会出现不良反应，如晕阙、疼痛加重等。当出现这些症状时应采取相应的措施。
晕厥：
有的患者患病日久，体质过于虚弱，对痛感特别敏感，或者过于饥饱，按摩时精神过度紧张，加之在按摩时手法过重，患者宜出现一时性的昏迷。在治疗过程中，若出现头晕、眼花、心慌气短的感觉时，应立即停止按摩，让患者卧床休息，用大拇指轻按内关穴，对于饥饿所致者，应给与甜食；对于已昏迷的患者，可采取急救措施，用手指捏掐人中、中冲，病在胸部用手掌轻柔，以利血液的循环。
为防止昏厥的发生，对体质虚弱的患者、神经衰弱的患者，治疗时手法宜轻柔，精神紧张的患者应消除其思想顾虑，饥饿的患者应先进食或喝些糖水。
疼痛加重：
对腰痛、腿痛、背痛等症状，如果按摩手法过重，或第一次按摩，有可能疼痛反而加重，一般情况下，痛感会在一两天后消失，原来的病症也有可能一起消失。当然，手法应轻柔和缓，以患者感觉不是非常痛苦为宜，特别是腰的肾脏解剖部位，切忌用蛮力按摩。
岔气与肌肉损伤：
病人的体位不舒适，按摩用力过猛，患者的肌肉紧张也可能造成肌肉损伤或岔气。当出现岔气时，要配合病人呼吸做牵拉上肢推压后背的运动，以减轻痛感。具体操作可参考后面的章节。对于肌肉皮肤损伤，可用红花油轻涂血瘀处一两次即可。脏腑病次于相应背俞穴的疗效；下部(腰、骶部)腧穴主治肾、膀胱、大小肠和肛门、腰、骶疾患，对肾、膀胱、大小肠病症次于相应背俞穴的疗效。