穴位按摩治疗疾病需采用一定的原则和方法，具体说来可以概括为：一，根据不同的临床症状表现；二，根据身体不同的部位；三，根据患者的体质情况；四，根据季节变换。
穴位治疗的基本原则是：“复正祛邪”，“重在治本”，“急则治标，缓则治本”，“标本兼顾”，“补虚泄实”。
复正祛邪是指恢复机体内的正气，驱除导致疾病发生的不利因素。疾病恢复的快慢，一方面同身体的抗病能力有关，另一方面同治疗的效果有关，穴位按摩治疗是通过调动机体的抗病能力来实现治疗的。
辨别标本是指分清疾病的标本，一般说来，旧病为标，新病为本；表症为标，病因为本。在临床治疗中需根据病情的轻重缓急，急则治标，缓则治本。在按摩临床治疗中，大多数病人的病情不是很急，可以重在治本，标本兼顾。比如头痛病人，经诊断属于阴虚肝阳上亢型，头痛为标，阴虚为本，治则平肝潜阳治头痛，同时兼顾补阴以治本，这样治疗头痛治愈后就不易复发，这就是以治标为主，标本兼顾的治疗方法。
补虚泄实是指患者属虚症则补之，属实症则泄之。一般说来，人体经血等物质不足为虚，或者脏腑、器官、组织的某一功能低下为虚。脏腑、组织、器官的某项功能亢进为实，或者外感邪气为实症，穴位按摩通过不同的手法作用于人体的部位，使气血、津液、经络起到相应的变化，补虚泄实，达到治疗的目的。