李时珍对道家神仙方术多有批判，而对于道家内功则持赞赏态度。他在《濒湖脉学·奇经八脉考》中，对古传周天功做了深刻的论述，今介绍于下。
小周天功法妙旨
李时珍在《奇经八脉考》中，重点阐述了“丹家河车妙旨”。河车功法亦名小周天，实为气功家进行“内气”锻炼的一种，是以意领气的气息锻炼，并逐渐产生“内气”循环运动，属于静功。练此功时，“内气”感觉(包括内动感和热感)将循尾闾(长强)→夹脊(肾俞)→玉枕→泥丸(百会)→鹊桥(舌与上腭交会处)→重楼(气管)→膻中→丹田(气海)，循环运动。李时珍引明代崔希范《天元入药镜》所说：“上鹊桥，下鹊桥，天应星，地应潮；归根窍，复命关，贯尾闾，通泥丸。”即是上述功法以内气运行路线的概括。这一路线沿任督二脉循行。所以李时珍认为小周天功法内气沿任督升降循环，形成了阳气上升、阴气下降、水火相交之势，故谓“任督二脉，人身之子午也，乃丹家阳火阴符升降之道，坎水离火交媾之乡”，明确提示了小周天功法的生理基础。
丹家认为，小周天功法需要以意领气，使内气沿任督运行，可以取得保健延年的效果。如《黄庭经》说：“皆在心内运天经，昼夜存之自长生。”李时珍论证说：“天经乃吾身之黄道，呼吸往来于此也。鹿运尾闾，能通督脉；龟纳鼻息，能通任脉，故二物皆长寿。此数说皆丹家河车妙旨也。”所谓天经、黄道，是天穹上日月运行的轨道，用以比喻人体阴阳二气运行的路线，亦即任脉督脉。他举龟鹿运气行任督而长寿的实例，证实此种功法确有强身的价值。
小周天功法健身机理
培育元气 生息化神
道家认为精气为构成万物的本原。人出生之后，先天真元之气藏于丹田。为生命之所系。元气上升助胸中肺气鼓动，则肺中浊气得以呼出；大气下降丹田以助元气，元气下纳，则天地清气得以吸入，故丹田元气乃为外气呼吸出入之根，而为生命之门。鼻中吸入的天地清气随胸中大气徐徐纳入丹田以养精；丹田之精复又能化生内气循河车循环，上养神气而为精神之所系。故练小周天功夫，有培育元气、生息化神之妙用。李时珍引道书《三章直指》说：“修丹之士，身中一窍，名日玄牝……医书谓之任督，此元气之所由生，真息之所由起。修丹之士不明此窍，则真息不生，神化无基也。”练小周天可通行任督之气，能强健人的根本，使息而有根，神有所本。
坎离交媾 心肾相交
李时珍论小周天功法有交媾水火的作用，引魏伯阳《参同契》云：“上闭则称有，下闭则称无，无者以上奉，上有神德居，此两孔穴法，金气亦相须。”练功时元气上升，闭其五官，精气不耗，则得有形之水，故曰：“上闭则称有”；元神下注，固其精关，阳气不泄，则得无形之火，故曰“下闭则称无”。阳气不泄，复上奉以养其神，故神德居之。此乃道家讲阴阳水火两者升降、相须交泰之义。小周天功法使任督内气循环运动，任脉贯心，心主藏神，属火。督脉络肾，肾主藏精，属水。任督交接，阴阳升降。心阳下暖肾阴，则肾水不寒而精气温暖；肾阴上济心阳，则心火不亢而神智清明。于是心肾相交，水火既济。
李时珍谓“任督之脉……坎水离火交媾之乡，”即为此理，亦即医家肾精心神交泰之意。丹家认为命门丹田为元气之所系，其中所藏真精名曰“铅”。炼功时意守丹田可“炼精化气”。精、气、神是炼周天功者所谓的药物，如元人陈虚白的《规中指南》说：“采药者，采身中之药也，身中之药者，神、炁（人吸收五谷精微之气）、精也。”故李时珍指出“丹家药物火候，自有别传”。与服用中药不同，周天功法（包括小周天、大周天）主要通过由内气锻炼，而达到健身调治之目的。李时珍引王海藏语：“一念之见，守而成铅，升而接离。补而成乾，阴阳归化，是以还元。”认为命门丹田之“铅”，可以接心火以养神，可以壮肾水以养精，使人达到阴阳返还，混元一气的境地。柯伯斋说：“造化之机，水火而已”。水火相济，造化不息，故人得以长寿，尽其天年。
通行任督 百脉皆畅
就气功而言，大周天功法必须在小周天的基础上，再循十二经脉及冲脉带脉运行，才能达到通行一大周天和通达奇经八脉的境界。小周天功作为静功的基础功具有相当重要的地位。任为阴脉之海，总任诸阴经；督为阳脉之海，总督诸阳经。故任督二脉为阴阳十二经脉之总领。任督交通，则阴阳协调，营卫和谐，百脉循环通畅，故得健康永年。
李时珍引元人俞琰《周易参同契发挥》云：“人身气血，往来循环，昼夜不停。医书有任督二脉，人能通此二脉，则百脉皆通。”可见小周天功对防病养生的积极作用。