气功的理论与中医基础理论是一致的，如它们都崇尚传统哲学中天人合一的整体观、辩证统一的动静观、相互依存的形神观等。气功中用得比较多的理论有阴阳五行学说、精气神学说、藏象学说和经络学说；在病因病邪学说中比较重视七情致病和内生五邪致病，而对外感六淫与戾气致病说则较少涉及；在治则治法中，重视未病先防，并较多采用和法、补法、通法等治法，也偶用“八法”中的温、清法，但对汗、吐、下、消法基本不用。试以具体的功法或练法择要说明之。
阴阳学说 其在气功中的应用主要体现在两个方面，以阴阳划分气功的功法，则动功属阳、静功属阴；呼气为阳，吸气为阴，存想太阳服日光能温阳，存想月光服月精能益阴，“动作”属阳故能避寒、“阴居”属阴故能避暑。将这两个方面与练功者的体质或所患病证结合，构成了医学气功辨体质选功（练功）、辨证施功的基础。
五行学说 五行学说在气功中的应用，除了一些功法中用来确定练功的方向、时辰外，主要是其在六字诀中的应用。以五行定练功方向、时辰，最有代表性的为《素问·遗篇·刺法论》的记载：“肾有久病者，可以寅时面向南……”肾在五行属水，“肾有久病”为虚证，“面向南”取南方之火以补之，并含交通心肾之意；“寅时”对应手太阴肺经，肺属金，此时练功取五行相生中的“金生水”。五行学说在六字诀中的应用，可以说达到了“淋漓尽致”的程度。首先，六字诀革新了古人五行与五音的分属，弃角、徵、宫、商、羽，代之以嘘、呵、呼、呬、吹、嘻，并分别与肝、心、脾（胃）、肺、肾、三焦六者相对应，并延伸至与该脏相关的经络、关窍、形体、情志等，如嘘字诀可用于肝与肝经、胆与胆经以及筋、目、怒等相关病证，体现了整体观在气功中的应用；其次，以五行学说指导六字诀养生，具体如“四季却病歌”谓，“春嘘明目木扶肝，夏至呵心火自闲，秋呬定收金肺润，肾吹唯要坎中安，三焦嘻却除烦热，四季长呼脾化餐”，体现了气功崇尚的天人合一观；再者，以五行学说指导六字诀的临床应用，其中数金元四大家之一的刘完素应用得最为娴熟，他在《素问玄机原病式》中提出了“实则行其本化之字泻之，衰者行其胜己之字泻之”的应用原则，并称之为“杀鬼贼”。《脉望》对此从两个方面进行了发挥：一是对由“所不胜”（即五行相侮）形成的病证，行“侮我”之脏的字，以使“我”脏不再受侮，如认为肝（木）气不足是肺（金）之有余之故，用呬字泄之；如心气不足，是肾之有余，用吹字泄之……二是对实证，按“实则泻其子”的原则择字，如“肝有余气则嘘，若嘘亦不能引肝气，则引其子，用呵字泻心之气，心气既行，肝气自传……”两种用法都体现了治病求本的原则，也是气功疗法辨证施治的范例之一。
藏象学说 八段锦能体现藏象学说的传统功法。仅在八节功法的名称中，至少有七节直接与藏象学说有关，试以其中四节说明之。第一节“两手托天理三焦”，以“三焦”代指全身。第二节“左右开弓上射雕”，古称“左肝右肺是射雕”，既应用了《素问·刺禁论》“肝生于左，肺藏于右”的观点，又体现了两者金木相克、以平为期的关系。第三节“调理脾胃单举手”，体现了脾主升、胃主降，脾胃升降为全身气机升降之枢纽之说。第五节“摇头摆尾去心火”，这一节以马步下蹲后的“转腰”为操作要点，“腰为肾之府”，转腰相当于对肾的间接按摩，功能强肾；肾为水脏，水克火，故肾水上济能去心火。
经络学说 经络学说与气功的关系尤其密切，有人甚至认为经络的发现也与练功有关，如李时珍说：“内景隧道，惟返观者能照察之。”李氏所说的“内景隧道”指经络；“返观”是气功的一种调心方法，这里代指气功锻炼，即认为经络只有在气功状态下才能体会到。气功学对经络的认识与应用，李时珍谓“稍与医家之说不同”。其不同点主要有几个方面：一是特别重视奇经八脉，尤其是任督两脉的作用。综合李氏及他人之论，气功对任督脉的特征与意义的认识主要表现为：
任督脉的走向与连接 经络学说认为，任督冲为“一源三歧”，自胞中直上，但任督都是自下而上，并不成环。但气功学认为，督脉之气主要自下而上，任脉之气则自上而下；且两者在躯干的上下方有两个“连接点”，由此形成一个完整的环。上面的“连接点”在印堂、鼻窍处，称为上鹊桥，自百会而下的督脉借此“桥”与任脉相连；下面的“连接点”在尾闾、谷道处，是连接任督脉的又一个点，称为“下鹊桥”。通过上下鹊桥，任督两脉成了一个密闭状态，它们“阴阳相贯，如环无端”。
任督脉与周天 古人认为，气在任督脉中的流动，犹如月亮环绕地球转、地球环绕太阳转一样，周而复始，故将其称为周天，因其范围较小，故特称为小周天，如果在此基础上再加上其他经脉，则因范围的扩大而称为大周天。古人练周天功的目的在于追求健康长寿，它有三个基本要素（习称“内丹三要”）：鼎炉、药物、火候，其中的鼎炉又称炉鼎，指的是丹田，共三处，分别称为上丹田、中丹田、下丹田，它们的位置，《抱朴子·地真》说：“两眉间，却行……三寸为上丹田”，“心下绛宫、金阙，中丹田”，“脐下二寸四分，下丹田”。三个丹田都在任督脉上，这也是气功特别重视此两脉的原因，故李时珍说，任督脉“仙不知此，难安炉鼎”。
任督脉的两种“通”法 传统气功认为，“八脉，俱属阴神，闭而不开，惟神仙以阳气冲开，故能得道”（李时珍引《八脉经》言），这里的“神仙”是指练功（尤其是练周天功）有素者，“得道”是指取得效果；“冲开”与我们现在所说的“通”同意。
“通”的方法，中西医汇通派医家张锡纯将其分为“意通”与“气通”两种：“气通任督者，纯凭……内练功夫……日积月累，元气充足，勃然而动，冲开督脉，以通任脉，有水到渠成之妙。”而“意通”则是“欲行其法者，当收视返听，一志凝神，使所吸之气下行归根。当其吸气下行之时，即以意默运真气……”显然，张氏提倡的“气通”与上述“阳气冲开”是一致的，我们平时说的“通周天”、“打通任督脉”也应指“气通”；而“意通”虽有速度快、感觉（“气感”）强等特点，但对健康无益，且有出现偏差之虑，故不予提倡。“气通”周天后，练功者可以在任督脉的部分循行之处，有一定的感觉，如温热、麻木、“气”的“走动”等。对此，练功者既不必惊慌，也不应刻意追求。这种“气通”，还可在一定仪器上有所反应，如红外热像仪可显示任督脉循行路线上一段或几段温度的升高，三个丹田（特别是下丹田）也可用仪器检测到局部温度上升。
通任督脉的意义 大致有三，首先，通任督可起到调和阴阳的作用，由于任督两脉分别为“阴脉之海”、“阳脉之海”，“气通”则此两脉能平衡阴阳。其次，通任督是观察全身经脉流通的一个“窗口”，故“人能通此两脉，则百脉皆通”。再次，通任督是周天功的基础（筑基功），任督不通则其下周天功的多个步骤均无从入手。
至于打通任督脉后可以百病不生、甚至长生不老，或是力大无比、功盖天下等均无稽之谈！而是“借”经络引气。在经络系统中十二经之经气有固定的走向，如手之三阴从胸走手，但在气功中，有时可以临时“借用”并“改变”其经气的走向，达到养生或疗疾的目的。以20世纪50年代由上海市气功疗养所创编的三线放松功为例，它将人体的侧面、前面、后面划分为三条线，其中的第一条线为头部至手指，该线“借”手三阴、三阳经，通过特定的呼吸方法和心理调节，将头部多余之气血，引导至手部；第二、第三条线，分别“借”足三阳、足三阴经，将头部多余之气血引导至脚；总的结果是使头面部（泛指人体上部）多余之气血（或上逆之气）引至手足部。已经证明，这一功法对高血压类疾病，及属实证的头痛头晕病症，具有肯定的疗效。此外，气功对腧穴的定位较为模糊，没有针灸推拿学科那样精确，范围也较大。以下丹田为例，《针灸大成》言其在脐下二寸，《抱朴子》说它在脐下二寸四分，这一不大的差异在针灸学中却相差许多，因针“刺”的是一个“点”，而在气功中是没有实际意义的，因为练功时“意守”的是一个“面”，《金丹大成》说其范围“方圆四寸”。