腧穴的内容大致可以分为三大类，它们分别是经穴、奇穴和阿是穴。
一、经 穴
凡归属于经脉的腧穴就是“经穴”。“经穴”指的是人体的十二正经和奇经八脉中的任、督二脉上的腧穴，所以又称为“十四经穴”。这些腧穴，是分布在十四经流注的路线上，是十四经脉经气汇聚、转输的部位，也包括各经脉、络脉之气互相交会、输注、分流的地方。这些腧穴，不仅可以反映本经脉及所属脏腑之病证，也可以反映本经脉所联络的其他经脉、脏腑之病证，同时又是针灸施治的部位。不仅具有治疗本经本脏病证的作用，也可以治疗与本经相关经络脏腑的病证。经穴是腧穴的主要部分，现有的361个经穴中，绝大部分是在晋代以前发现的，其中很多腧穴的归属经脉是在经络形成之后，经过长期实践，逐步发现，逐渐补充起来的。这些经穴自发现以后，都是经过定位、定名，逐步由散在而形成系统。
二、奇 穴
奇穴是指既有一定的穴名，又有明确的位置，但尚未列入十四经系统的腧穴。这些腧穴，对某些病证有其特殊的治疗作用，以前称作“经外奇穴”。现在称作“经外穴”。例如头部的太阳穴可以治疗头痛，腰部的腰眼穴可以治疗腰痛等。奇穴的分布虽然比较分散，但与经络系统仍有密切的关系。如印堂穴与督脉，太阳穴与三焦经等即是。从历代有关针灸文献中可以看出，有好多经穴都是从经外奇穴纳人十四经的。例如《铜人针灸腧穴图经》增加了阳关、灵台、膏盲俞、青灵；《针灸资生经》增加了眉冲、督俞、气海俞、关元俞、风市；《医宗金鉴》增加了中枢、急脉等。
三、阿 是 穴
阿是穴又叫“压痛点”、“天应穴”，古代叫做“以痛为输”。它既无具体的名称，又无固定的位置，而是以压痛点或其他反应点作为腧穴的。在开始的医疗实践中，因为还没有经络腧穴，治疗疾病时就是找压痛点。在寻找的当中，一旦找到了痛点，患者就会情不自禁地喊出“啊是”，于是人们就把这样找到的腧穴叫做“阿是穴”。