各类腧穴，除了阿是穴以外，每个腧穴都有自己的位置和名称。先人对腧穴的命名是遵循一定的规律和方法的，并且也有一定的理论根据。人们在长期的医疗实践中，通过实践观察对身体的各个部位的腧穴进行归纳总结，再根据各个腧穴的客观存在的特异性，用各种方法加以命名，归纳起来大概有以下5种命名方法：
一、比 拟 法
这种方法的特点，是把人和自然看成统一的整体，把人体看成是大自然的具体体现。当代学者把这种方法叫做取类比象的方法，对腧穴的命名广泛应用了这种方法。根据各个腧穴所在人体的部位、功能、作用、主治病症及施治反应等方面突出的特异性，用自然界及人类社会等各种事物的特征，及事物之间的相互联系的性质和现象，进行类似的比较，依其相近似而命名腧穴。例如：昆仑、日月、伏兔、鹤顶、缺盆等。
二、象 形 法
这种命名法也属于取类比象的范畴。它是按照腧穴所在部位的突出特征，以及腧穴功能主治的突出特点，借助事物的外在形象来作腧穴命名的。此法多是借助于动物、植物、建筑物的外在形象来命名腧穴的。例如：鸠尾、鱼腰、耳门、内庭等等。
三、会 意 法
这种方法是以人的意识，即人的理解能力来认识事物的方法。用会意的方法，形象地代表腧穴的部位特征及其突出作用，来对腧穴命名。如用音律、神志、意、听、灵、鬼、魂、魄等。例如：少商、本神、魄户、听宫等等。
四、写 实 法
这种方法是以直接实录的方式，将腧穴的所在位置、功能作用、主治特点用作腧穴的命名的。它给人们的印象深刻，可以直截了当地掌握腧穴的位置、治疗特点。依此法命名的腧穴不在少数。例如：腕骨、膝阳关、肩贞、玉枕等等。
五、度 量 法
这种方法是以腧穴的位置的骨度、脉度以及特殊量取方法的数字来命名腧穴的。按实际操作方法看应属于写实法。此法多用于特殊奇穴的命名上，故单列此法。例如：四神聪、三角灸、三里、五里等等。
以上5种方法可以单独应用，也可见合并应用，它们是互相有联系的，不能以单一的概念来理解。