穴位的“穴”字含有“孔”、“隙”的意思，腧穴的“腧”与“输”义通，为“输注”之义，象流水的转输灌注。穴位在《内经》中又称作“节”、“会”、“气穴”、“气府”、“骨空”等，而《甲乙经》中则称为“孔穴”。“腧”、“输”、“俞”三字相通，应用时各有所指。“腧穴”是指穴位的统称，“输穴”是指井、荥、输、经、合五腧穴中的第三个穴位，而“俞穴”是指脏腑之气输注于背部的穴位，即五脏俞和六腑俞的背俞穴。
《素问·气府论》解释穴位是“脉气所发”；《灵枢·九针十二原》说：“节之交，三百六十五会，……所言节者，神气之所游行出入也，非皮肉筋骨也；《灵枢，小针解》解释说：“节之交，三百六十五会者，络脉之渗灌诸节者也”。上述古文，足以说明经络和穴位的密切关系。
经络和穴位又归属于脏腑，就是说穴位各归属于某一条经络，而每一条经络又各隶属于某一脏腑。《素问·调经论》言：“五脏之道，皆出于经隧”，《灵枢·海论》说：“夫十二经脉者，内属于脏腑，外络于肢节”，这就明确指出了脏腑——经络——穴位之间的关系。《千金翼方》更进一步指出：“凡孔穴者，是经络所行往来处，引气远入抽病也”。说明在体表的穴位上施以针灸或按摩，就能治疗所属脏腑的某些疾病，同样腑腑的某些病症又能在相应的穴位上有所反应，这些主要是通过经络来完成的。