人体的穴位很多，大体上可分为经穴、奇穴和阿是穴三类，现分述如下：
经穴，是指归属于十二经脉与任、督二脉的穴位，称为“十四经穴”，简称“经穴”。这些穴位，因其分布在十四经循行路线上，所以与经脉关系密切，不仅具有主治本经病症的作用，而且能反映十四经及其所属脏腑的病症。经穴随着人们的医疗实践，也经历了一个由少到多的过程。《灵枢·本输》篇在五输穴上冠以所属脏腑之名，《素问·气府论》统计穴位数目上冠以诸经”脉气所发者”字样，说明《内经》为穴位的分经已奠定了基础。从其经文来看，虽多次提到有三百六十五穴之说，但实际上其所记载的穴位仅有一百六十个左右。《甲乙经》用分经分部方法详载穴名、穴位，共得三百四十九穴。《千金翼方》所载与《甲乙经》相同。到《铜人腧穴针灸图经》、《十四经发挥》等书时才有所增加，其穴名数达到三百五十四穴，而后的《针灸大成》中已载有三百五十九穴。
奇穴，是指没有归属十四经的穴位，因其有奇效，故称奇穴。又因其在十四经以外，故又称“经外奇穴”。《灵枢·刺节真邪》称“奇输”，它是在阿是穴的基础上发展起来的，其中有明确位置，且有名称的称为“有名奇穴”；一些仅有明确位置，但尚未定名的则称为”无名奇穴”前者占绝大多数，后者为数较少。这类穴位的主治范围比较单纯，多数对某些病症有特殊疗效，如百劳穴治瘰病，四缝穴治小儿疳积等。历代文献有关奇穴的记载很多，如《千金要方》中载有奇穴一百八十七之多，《奇效良方》专列奇穴，收集了二十六穴，《针灸大成》专列“经外奇穴”一门，载有三十五穴，《类经图翼》也专列“奇俞类集”一篇，载有八十四穴，这说明历代医家对奇穴是颇为重视的。
奇穴的分布虽然较为分散，有的在十四经循行路线上，有的虽不在十四经循行路线上，但也与经络系统有着密切联系；有的奇穴并不指某一个部位，是由多个穴位组合而成，如十宣、八邪、八风、华佗夹脊等；有些虽名为奇穴，其实就是经穴，如胞门、子户，实际就是水道穴；四花据《针灸聚英》记载就是胆俞和膈俞双侧四穴，而灸痨穴就是心俞。
阿是穴，就“阿”字而言，《汉书·东方朔传》颜师古注，是“痛’’的意思，因其按压痛处，病人会“阿”的一声，故名为“阿是”。阿是之称见于唐代《千金要方》中：“有阿是之法，言人有病痛，即捏其上，若里(果)当是处，不问孔穴，即得便快成(或)痛处，即云阿是，灸刺皆验，故云阿是穴也”。溯本求源乃始自《内经》所言之“以痛为腧”，这类穴位既无具体名称，也无固定部位，而是以痛处为穴，直接点按、针刺或艾灸。《灵枢·五邪》说：“以手疾按之，快然乃刺之”；《素问·缪刺论》也说：“疾按之应手如痛，刺之”；《素问·骨空论》则言：“切之坚痛，如筋者灸之”。说明或痛、或快、或有特殊感应之处，都有阿是之意，近代又称“压痛点”、“敏感点”，但不一定是阿是穴。有的经穴或奇穴，也以压痛取穴，如《灵枢·背腧》言：“肾腧在十四焦(椎)之间，皆挟脊相去三寸所，则欲得而验之，按其处，应在中而痛解，乃其腧也”。说明取经穴时，也可按压痛点取穴。又如奇穴中的阑尾穴、胆囊穴等，莫不以所在的一定部位上再以压痛或特殊感应为准而点按针刺之。这就是说经穴或奇穴，均可应用阿是之法取之，但两者应有区别，不能相互混淆。
穴位都有一定的部位和命名，故《素问·阴阳应象大论》说：“气穴所发，各有处名”。每个穴位的名称都有一定的意义，故《千金翼方》说：“凡诸孔穴，名不徒设，皆有深意”。有关穴位命名含义的解释在古代文献中早有记载，如《素问·骨空论》中说：“噫嘻在背下侠脊旁三寸所，厌之令病者呼噫嘻，噫嘻应手”。因此称之为噫嘻穴。唐代王冰注《素问》对鸠尾穴的释义：“鸠尾，其正当心蔽骨之端，言其垂下，如鸠鸟尾形，故以为名也”。所以说对穴名意义的理解有助于穴位部位的记忆以及功能的掌握。全身穴位的命名归纳分类为以下几种：1、自然类。 以天文学上日月星辰而命名，如日月穴、璇玑穴、天枢穴、太乙穴等；以地理名称结合穴位的形象；如大陵穴、梁丘穴、承山穴、丘虚穴等；以溪、谷、沟、渎来比喻穴位的形象：如后溪穴、合谷穴、水沟穴、四渎穴等；以海、泽、池、泉、渠、渊来比喻穴位的流注形象：如少海穴、尺泽穴、曲池穴、涌泉穴、经渠穴、太渊穴；以街、道、冲市、廊来比喻穴位的通路或处所：如气街、水道、关冲、五处、风市、步廊。 2、物象类。以动物名称来比喻某些穴位的形态：如鱼际穴、鸠尾穴、伏兔穴、犊鼻穴等；以植物名称来比喻某些穴位的形态：如攒竹穴、禾醪穴、丝竹空穴等；以建筑物来形容某些穴位的形态，如天井穴、玉堂穴、神门穴、内关穴、库房穴、地仓穴、天窗、梁门穴、气户穴等；以什物之类采形容某些穴位的象形和会意：如大杼穴、地机穴、颊车穴、缺盆穴、天鼎穴、悬钟穴等。 3、人体类。 以人体解剖部位来命名：如腕骨穴、大椎穴、曲骨穴、巨骨穴、心俞穴、肝俞穴、胃俞穴、大肠俞穴等；以人体生理功能来命名：如承浆穴、承泣穴、听会穴、劳宫穴、关元穴、气海穴、血海穴、魄户穴、魂门穴等；以治疗作用来命名：如光明：穴、水分穴、通天穴、迎香穴、归来穴等；以人体部位和经脉分属阴阳来命名：如阳陵泉和阴陵泉、阴都和阳纲、三阳交和三阳络等。