大多数在人体内产生的毒素或体外来的毒素（有毒物质）都是在肝脏经过肝细胞解毒处理，使其毒性减弱或消失，然后排出体外，使毒素不会产生对人体不利的影响。
肠道存在许多的细菌，它们在生长繁殖过程中产生大量的代谢产物，含有很多的毒素成份，当这些产物随门静脉到达肝脏时，肝脏内的吞噬细胞就会对这些产物进行吞噬而清除，使毒性作用减弱或消失。在蛋白代谢过程中会产生一种有毒的物质叫做“氨”，肝细胞可摄取血液中的氨合成尿素，从尿液中将其排出体外。肝硬化的病人就是因为肝细胞功能受损，不能及时处理氨，使血中氨的浓度升高，导致大量的血氨进入大脑，引起肝昏迷。各种药物使用不当，也会对肝脏造成损害，成为体外常见的有毒物质之一。正常的肝细胞可摄取进入血液循环的药物，然后在肝内进行氧化还原反应，最后的代谢产物随胆汁和尿液排出体外。