（一）一般和对症治疗。按呼吸道隔离。保持空气清新，注意营养及良好护理。避免刺激、哭泣而诱发痉咳。婴幼儿痉咳时可采取头低位，轻拍背。咳嗽较重者睡前可用冬眠灵或非那根顿服，有利睡眠，减少阵咳。也可用盐酸普鲁卡因3～5mg/kg/次，加入葡萄糖30～50ml中静滴，1～2次/日，连用3～5天，有解痉作用。维生素K1也可减轻痉咳。患儿发生窒息时应及时做人工呼吸、吸痰和给氧。重者可适当加用镇静剂如苯巴比妥或安定等。痰稠者可给予祛痰剂或雾化吸入。重症婴儿可给予肾上腺皮质激素以减轻炎症。
（二）抗生素治疗。卡他期4天内应用抗生素可减短咳嗽时间或阻断痉咳的发生。4天后或痉咳期应用可缩短排菌期，预防继发感染，但不能缩短病程。首选红霉素30～50mg/kg/日，连用7～10天，也可用氯霉素（剂量同上），或复方新诺明、氨苄青霉素等。
（三）中医药治疗。胆汁类制剂对百日咳杆菌有显著的抑制作用。同时还有一定的镇静作用。可采用鸡胆汁加白糖蒸服。半岁以内每日1/3个，半岁至1岁每日1/2个，1至3岁每日1个，直至痊愈。亦可用猪胆等代替。