慢性乙型肝炎主要包括两种临床类型，即乙型肝炎病毒 e抗原(HBeAg)阳性和阴性慢性肝炎。目前我国e抗原阴性乙肝患者所占比例呈上升趋势，约占慢性乙肝人数的 35．9％~53．7％，治疗以采用抗病毒疗法为主。2005年中华医学会肝病学分会制定的中国乙肝防治指南指出：e抗原阴性患者，可选用。干扰素、派罗欣、拉米夫定、阿德福韦酯或恩替卡韦，疗程均至少为1年。
一、普通O干扰素 。干扰素并不直接杀灭或抑制病毒，而是作用于靶细胞的受体，激活细胞的抗病毒和免疫调节作用发挥效果，长期(大于12 个月)治疗可能会取得更高的病毒抑制和降低转氨酶的效果，可以提高预后，减少肝癌的发生。研究发现，a干扰素联合拉米夫定治疗没有意义：既不能提高疗效，还会增加费用和不良反应发生率。
二、聚乙二醇化O干扰素 (Peg-IFN) 目前获得我国批准的为派罗欣，应用派罗欣 180毫克，每周1次治疗 HBeAg阴性的慢性乙肝，其抑制病毒和降低转氨酶的作用都较普通。干扰素和拉米夫定高，停药后随访半年其抗病毒和降酶作用仍可维持，表明派罗欣治疗48周能产生较高的病毒学和生化学应答率。
三、核苷／核苷酸类似物
1．拉米夫定：对HBeAg阳性和HBeAg阴性乙肝患者均有较显著的疗效，能有效抑制病毒、降低转氨酶。但用拉米夫定治疗HBeAg阴性乙肝患者，停药后导致反跳——病毒复制和转氨酶的升高、复发率较高，因此治疗的疗程相对较长，而长期治疗又会增加耐药性，造成更低的应答率。
2．阿德福韦酯：研究发现， HBeAg阴性乙肝患者接受阿德福韦酯一日10毫克疗程48 周的治疗，其抑制病毒复制为 51％，降低转氨酶率为72％，没有出现耐药性，安全性较高。特别是对拉米夫定耐药的患者，应用阿德福韦酯后50％患者出现转氨酶的降低，37．5％出现病毒的抑制，提示一旦出现耐药，应立即加用阿德福韦酯。
3.恩替卡韦：对于HBeAR 阴性初治患者，治疗48周时，恩替卡韦组患者组织学改善者比例显著高于拉米夫定，终止治疗后，虽然患者也出现了病毒复制水平的反跳，但没有出现恩替卡韦耐药株。因此，恩替卡韦在抑制病毒复制、改善肝脏组织学等方面明显优于拉米夫定，但其长期治疗的不良反应及耐药情况还需进一步监测。