萎缩性胃炎，粘膜皱壁平滑，粘膜层变薄，细胞浸润可涉及粘膜下层，腺体大部分消失，有时局限组织的再生过程占优势，可发生息肉，甚至可转变为胃癌。病变严重时，胃粘膜形态像小肠（肠化）。由于腺体的大部分消失和胃的分泌功能减低，盐酸﹑胃蛋白酶和因子的分泌均减少。骨粘膜的基本病变：
①腺体的上皮细胞体积缩小，细胞数目亦减少，因而腺体体积缩小，甚至消失，使残留的固有腺体不规则分布。
②萎缩腺体之间纤维组织增生，间质增宽，其中有较多的炎细胞浸润。
③固有腺体减少，代之以生化的腺体。正常腺体减少，化生的腺体越多，则萎缩程度越重。
④正常腺体不同程度消失，而为一种增生的小腺体代替。
凡出现上述任何一项病变者，均可看作为腺体萎缩的表现。腺体萎缩常呈灶性分布，一般先幽门，后胃体，先小弯部，后大弯侧。
萎缩的程度，可分三级：
轻度：胃窦部浅层腺体呈局灶性萎缩，减少，而大小弯腺体正常。
中度：胃窦部及小弯腺体均有萎缩，减少，切范围较轻度广泛。
重度：胃窦部大部分萎缩﹑减少，仅残留少数原有腺体，大﹑小弯及弯腺体萎缩；或粘膜显著变薄，原有腺体完全萎缩﹑消失，而代之以化生腺体。
（2）化生：是指胃粘膜各部分的固有腺体，变为其他类型的胃腺或肠道的腺体。如肠上皮化生﹑幽门腺化生。
①肠上皮化生﹙肠腺化生﹚：是指胃粘膜的任何一种腺体变成了小肠的腺体。最常见于幽门窦，继而向小弯﹑大弯﹑胃体部扩展。
肠上皮化生，先从腺颈部上皮开始，然后向粘膜表面上皮及腺体深部发展。肠上皮化生（肠腺化生）实为小肠腺化生，它与大肠腺的区别就在于有潘氏细胞。
②假幽门腺化生：是胃体及胃底腺萎缩时出现的一种变化。如活检确系取自胃体部。在粘膜内见有幽门腺，可认为是化生。特别是取自大弯部的粘膜，如见有幽门腺，可肯定为化生。
（3）增生：当腺体有萎缩﹑消失时，常伴随颈部腺体的增生，这是一种对损伤的修复﹑代偿现象。
（4）增生：是指腺体在增生基础上，组织结构出现了异常现象，即组织结构的异型性，此种增生常见于慢性萎缩性胃炎。有肠腺化生的腺体更为常见。
不典型增生的腺体常呈灶性分布，与周围腺体一般有较清楚的分界。有时，仅可见少数几个腺体有不典型增生的改变。
（5）癌变：为重度不典型增生的进一步发展。癌变可从粘膜的不同深度开始。有的从粘膜表面上皮开始，活检易于发现。有的从粘膜深部腺体开始。如活检取材较浅，则不易发现。此种情况应予注意。