在应用足底按摩来治疗疾病时，应根据病变所在的部位，也就是根据哪一脏腑器官的疾病来选取相应的足穴，而并非根据具体的病症。
同一器官、同一系统的疾病，可选用大致相同的足穴，例如：各种眼病，在选穴上都要选跟穴，各种耳病也都应选用耳、内耳迷路等。
在治疗急性病时，只选用受累脏器在足底的反射区进行重手法治疗就可以了，这样可做到重点突出，可收速效。
但对于慢性病，则应采取全足按摩，重点加强的办法。所谓全足按摩，就是把所有的足穴都按摩一遍；而重点加强则是在全足按摩的基础上，根据具体病症选取一些重点足穴，在按摩次数和刺激量上予以加强，以加强治病的效果。重点按摩应包括基本足穴，主要足穴和相关足穴。
基本足穴即肾脏、输尿管、膀胱这3个足穴，因其可增强排泄功能，将毒素或有害物质排出体外，故在治疗时应重点加强，在治疗开始和结束时都要反复按摩3遍。
主要足穴即与病变器官或系统相对应的足穴。例如：各种肝病，即取肝脏、脾脏、胃、肠等，而胆囊疾病多取肝、胆囊。
皮肤病一般选用脾脏、肾上腺、甲状旁腺、淋巴腺、胃、肠等。
相关反射区应根据不同性质的疾病来配备，例如：各种炎症，应选用脾脏、淋巴腺、肾上腺、甲状旁腺，扁桃腺等，而恶性肿瘤患者为增加免疫力可酌选脾脏、淋巴腺、肾上腺、甲状腺、甲状旁腺。
在全足按摩时，一般先从左脚开始，按摩三遍肾脏、输尿管、膀胱3个足穴后，按足底 ——>主要足穴——>相关足穴——>基本足穴的顺序进行。
在进行治疗时，只要按照如上的顺序进行，穴位找准，力度大小适中、均匀，就一定会取得满意的疗效。