经络学说从简单概念逐步形成系统的理论，中间还受到当时盛行的阴阳五行学说的影响，阴阳五行学说渗透到经络的命名，脏腑属络及其与天地相应等各部分。经络系统大都以阴阳来命名，一切事物都可分为阴和阳两个方面，两者之间又是互相联系的，所谓“阴中有阳，阳中有阴”，经络的命名就包含有这种意思；一阴一阳衍化为三阴三阳，相互之间具有对应关系(表里相合)：太阴——阳明，少阴——太阳，厥阴——少阳。三阴三阳是从阴阳气的盛衰多少来分的：阴气最盛为太阴，其次为少阴，再次为厥阴；阳气最盛为阳明，其次为太阳，再次为少阳。《素问·至真要大论》说：“愿闻阴阳之三也，何谓?”——“气有多少异用也”。“阳明何谓也?”——“两阳合明也”。“厥阴何也?”——“两阴交尽也”。
三阴三阳的名称广泛地应用于经络的命名中，包括经脉、经别、络脉、经筋都是如此。分布于上肢内侧的为手三阴(手太阴、手少阴、手厥阴)，外侧的为手三阳(手阳明、手太阳、手少阳)；下肢外侧的为足三阳(足阳明、足太阳、足少阳)，内侧的足三阴(足太阴、足少阴、足厥阴)。从手足(上下肢)阴阳的命名可以看出，经络学说的形成与四肢的关系是最为密切的。在马王堆汉墓出土的帛书中有关于十一脉的两种写本(第二种又分甲、乙两种本子，文字基本相同)，这是较《内经》为早的古代经络学说文献。十一脉的名称，是以“臂”、“足”分阴阳，与手足分阴阳的意义是一致的。
经络以分布于肢体内侧的为阴，分布于肢体外侧的为阳。内脏则以“藏精气而不泻”的称为“脏”，为阴；以“传化物而不藏”的称为“腑”，为阳。两者结合起来，即阴经属于脏，阳经属于腑。从帛书十一脉的名称及其内容看，还没有这种确定的联系；在《灵枢·经脉》中才有了系统全面的记载，确定阴经属于脏而络于腑，阳经属于腑而络于脏，构成了阴与阳、脏与腑之间的表里相合的关系。《素问·阴阳应象大论》说：“上古圣人，论理人形，列别藏府，端络经脉，会通六合，各从其经；气穴所发亏各有处名；豁谷属骨，皆有所起；分部逆从，各有条理；四时阴阳，尽有经纪；外内之应，皆有表里”，即概括了上述内容。
脏腑以脏为主。脏之在胸者(肺、心)联系手阴经，在腹者(脾、肝、肾)联系足阴经；六腑则各随其表里相合关系与阳经相联系(六腑下合穴都在足三阳经上)，手足阳经总的都是分布到头部。这样手足阴阳经与头面的胸腹之间就构成了一种特定的联系；手阴经——胸，足阴经——腹，手足阳经——头。这种联系与帛书的记载也是基本一致的。所不同的是帛书所记载的十一脉走向，绝大多数从四肢部开始，各脉之间也没有互相衔接；而《灵枢·经脉》中记载的经络则有顺有逆，各经脉之间互相连接。这也就是《灵枢·逆顺肥瘦》中所说的“脉行之逆顺”，“手之三阴，从藏走手；手之三阳，从手走头；足之三阳，从头走足；足之三阴，从足走腹”。手足各经脉互相连接，说明气血运行是“阴阳相贯，如环无端”的。
《灵枢·脉度》言：“气之不得无行也，如水之流，如日月之行不休。故阴脉营其藏，阳脉营其府，如环之无端，莫知其纪，终而复始”。这里把气血运行与自然界的水流和日月的运行现象联系起来，从而提出“人与天地相参”、“与日月相应”的论点。根据《灵枢·营卫生会》等篇的论述：“气”来自饮食五味，经胃传到肺，进而五脏六腑都得到气，其中清的称做营气，运行于脉中；浊的称做卫气，散布到脉外；营气是“常营无已”，周而复始；卫气则日行于阳，夜行于阴，“与天地同纪”。“人与天地相应”的观点，在经络学说中有其重要性，说明人生活于天地之间，与自然界是息息相关的，气血活动也象自然现象一样是有一定节律的。如《素问·八正神明渤说：“天遇日明，则人血淖液而卫气浮，故血易写，气易行；天寒日阴，则人血凝泣而卫气沉……，是以因天时而调血气也”。
总的看来，经络学说的形成与阴阳五行是紧密结合的。《素问·四气调神论》言：“四时阴阳者，万物之根本也”。“阴阳四时者，万物之终始也”。经络学说在阐述人体气血运行与自然界的关系时都贯穿着这一基本观点，以至将经络的数目也与时令配合起来解释。如《灵枢·五乱》说：“经脉十二者，以应十二月；十二月者，分为四时；四时者，春、秋、冬、夏，其气各异……”。由此说明，人体通过气血的运行构成有机的整体，而人体与自然界又是统一的。