●现代针灸学体系完全不同于传统针灸学，本质区别在于现代针灸学理论完全立足于现代科学意义的相关知识体系，传统针灸学理论则完全立足于中国传统文化基础之上。
●如果说今天的现代针灸学理论体系已经基本形成的话，也仅仅是指这一体系的框架而已，在这一框架之内仍有许多内容有待发展，如穴位作用、配伍规律研究，针刺作用时效规律研究等。
●完善现代针灸学体系还有很长的路要走，目前的研究主要是为不同学术倾向的探索提供了一种可以选择的框架模式。这一模式既不能解决该领域的所有问题，也不能排斥传统模式的继承与发展。
现代针灸学体系完全不同于传统针灸学，本质区别在于现代针灸学理论完全立足于现代科学意义的相关知识体系，以神经-内分泌-免疫网络学说及腧穴作用规律、针刺作用的四大规律为该体系的理论核心；而传统针灸学理论则完全立足于中国传统文化基础之上，是以阴阳五行学说、脏腑气血学说、经络学说等为基本理论。
关于“现代针灸学体系”的建立，自《现代针灸学理论与临床应用》与《全息生物医学理论与临床应用》出版至今年《现代针灸学》的出版，其间又经过了20多年的发展，与20年前的雏形相比，今天的现代针灸学理论体系正在逐步走向完善，孙忠人教授等人曾评价说：“现代模式已经被世界认同”；“被越来越多的国内外同行所接受”。尽管如此，现代针灸学体系的完善依然任重道远。如果说今天的现代针灸学理论体系已经基本形成的话，也仅仅是指这一体系的框架而已，在这一框架之内仍有许多内容有待发展，这里仅列举几个基本问题。
穴位作用规律研究还需深化
现代针灸学认为腧穴作用的基本规律与神经的节段性支配密切相关，即某一腧穴的主要作用范围取决于与之相同或相近的神经节段的支配空间，也就是说处在相同或相近的神经节段支配区内的腧穴具有类同的调节作用。腧穴的特异性在现代针灸学中被定义为：处在相同或相近的神经节段支配区内的腧穴在治疗或调节作用上与较远的神经节段支配区内的腧穴的差异性。
针刺腧穴所产生的调节作用虽然十分复杂，但从针刺腧穴所产生的作用范围来讲，现代针灸学将针刺效应概括为两大主要类别：一类是节段性效应，另一类是整体性效应。如果把十四正经上的各个腧穴按文献记载的主治作用逐一与神经节段性支配关系进行核查时，从总体上来看，大多数腧穴的主治病症与神经节段性支配关系相吻合，这一规律位于躯干部的腧穴尤为典型。位于四肢的少部分腧穴除了能够治疗与之相关神经节段支配区内的病症之外，还可以治疗与之相距较远神经节段支配区的疾病，这种情况主要是由超分节结构的高位中枢和神经-内分泌-免疫网络所决定的。这就是说现代针灸学在总结腧穴作用规律时，也注意到了由超分节结构的高位中枢和体液因素所决定的个别腧穴的广泛作用，但这广泛作用的存在并不是否定腧穴作用基本规律的依据，而是这一基本规律的补充。
穴位作用规律的研究，不但要弄清楚作用于每个器官系统的穴位分别是哪一些，还要弄清楚作用于各器官系统的穴位的作用强度，并依据穴位作用强度的大小及安全风险或操作的方便与否，将作用于各器官系统的穴位区分为第一线穴位、第二线穴位，第一线穴位是临床治疗中的首选穴位，第二线穴位则属于备选穴位。
但问题是：作用于各器官系统的穴位分别有哪一些？而其中哪一些属于第一线的穴位？哪一些属于第二线的穴位？这是现代针灸学尚未梳理清楚的几个问题。
穴位配伍规律研究有待突破
传统方剂学组方用药讲究君、臣、佐、使，关注不同的中药在同一个组方中所起的不同作用。传统针灸学选穴组方也讲究不同穴位的补虚、泻实、调和阴阳的作用。现代针灸学则关注不同穴位组合在一起是加强治疗作用、还是削弱治疗作用？什么类别的穴位组合在一起会产生协同作用？什么类别的穴位组合在一起会产生拮抗作用？每个穴位处方的穴位数量应当以多少为宜？但现代针灸学研究目前尚不能回答这些问题。
有的穴位组合在一起发挥协同作用，而有的穴位组合在一起可能产生拮抗作用。我们曾观察比较过针刺单穴和多穴对原发性痛经患者的止痛作用，根据我们的临床经验，结合穴位的使用频次的统计结果，选取较常用的十七椎作为单穴观察组，在选用十七椎的基础上加取更为常用的地机、次髎、三阴交作为多穴组。结果显示，无论是轻度疼痛病人、还是中度和重度疼痛病人，两种不同的穴位处方在止痛方面的差异是基本一致的，即多穴组的止痛效果在多个时点都明显好于单穴组（P＜0.05或P＜0.01），但是多穴组的止痛效应与取穴数量并不成比例关系。多穴组的取穴数量是单穴组的7倍，但止痛效果却没有这样的倍数关系。特别需要指出的是，单穴组取用的十七椎虽较常用，但是使用的频次并未排在治疗痛经的穴位前10位以内，治疗痛经使用频次最多的10个穴位依次是三阴交、关元、足三里、次髎、中极、气海、地机、太冲、肾俞、气海。而多穴组在取用十七椎的基础上加取的三阴交、次髎、地机均在最常用的10个穴位之内。
在设计这一观察时我们曾考虑，多穴组的效果与单穴组比较可能会有倍数差异，毕竟穴位个数比单穴组多出6倍，而且多出的3对穴位都比十七椎更为常用。但观察结果出乎我们的预料，从轻度疼痛病人到中轻度、重度疼痛病人，两种穴位处方在后6个时点的止痛效果的差异很小。这一结果表明：1.适当的穴位配伍是必要的，但疗效与穴位的数量没有比例关系，并非取穴越多越好；2.常用穴位组合在一起并不一定能够明显加强疗效，即未必产生协同作用；3.有的常用穴位组合在一起有可能削弱疗效，即有可能产生拮抗作用。具体到对每一种疾病的针刺治疗，怎样取穴组方才能产生更好的协同作用？怎样取穴组方才能避免拮抗作用的产生？这是现代针灸学今后必须要回答的问题。
针刺作用时效规律研究
严重滞后于临床需求
针刺的留针时间、针刺的频次是针刺治疗方案的重要内容，也是影响针刺疗效的关键共性因素，而留针时间的确定应当以针刺作用的最佳诱导期为依据，针刺频次的确定应当以针刺作用的半衰期为依据，前二者对后者具有不可分割的依赖关系。针刺作用的最佳诱导期、针刺作用的半衰期均属于针刺作用时效关系的研究内容，但这方面的研究严重滞后于临床实践的要求。
根据我们的研究并结合有关文献所提供的信息来分析，针刺的最佳诱导期主要取决于所观察的指标和选取的穴位，在选取的穴位与观察指标密切相关的情况下，最佳诱导期多在10~60分钟之间，一般情况下，观察指标的反应性越敏感，针刺的最佳诱导期、半衰期也就越短；反之，针刺的最佳诱导期、半衰期也就越长。直接作用于神经系统、平滑肌系统的穴位，最佳诱导期较短，其针刺作用的半衰期也相对较短；而对于内分泌系统、免疫系统、血液系统或其他生化指标来讲，其最佳诱导期、针刺作用的半衰期相对较长，但半衰期似乎多在2小时左右。根据这样的初步结论，我们认为从获取最佳疗效的角度来讲，将针刺频次确定为每天1次并不是最合理的选择，而每天针刺2~3次比每天针刺1次则更具有科学性，但具体到某一个疾病所运用的具体治疗方案，在10~60分钟之间如何确定最佳留针时间，在每天针刺1~3次的范围内如何确定最佳针刺次数，这也是现代针灸学尚未解决的问题，临床实践要求现代针灸学研究必须尽快解决这些问题。
总之，立足于现代科学意义上的现代针灸学体系的完善还有很长的路要走，目前的研究主要是为不同学术倾向的探索提供了一种可以选择的框架模式。这一模式既不能解决该领域的所有问题，也不能排斥传统模式的继承与发展，毕竟二者分属于完全不同的文化范畴，在尊重文化多元化的今天，不应当用完全对立的眼光来审视彼此。