掌握穴位主治，明性配穴
程莘农认为临证处方选穴，首先应掌握穴位主治和腧穴的特性，就像中医大夫不仅要熟记方剂，而且要掌握每味中药的功效主治。因为用药、用穴都是在中医学基础理论指导下进行的，穴位和中药的作用常有异曲同功之妙。例如，列缺宣肺止咳，功似桔梗、杏仁；曲池去血中之风，功似荆芥；大椎调和营卫，功似桂枝、白芍；风池既能疏散外风，又能平熄内风，功似钩藤、防风；足三里大补元气，功似人参、黄芪；阳陵泉疏肝利胆，功似柴胡、竹茹等等。
但在治疗中，腧穴作用又多优于药物，一穴往往具有多方面功能和双向调节的作用，这些是药物所不具备的优点。如关元穴补气之功似人参，但又能行气活血化瘀，对妇科月经病有很好的疗效，较之人参又有泻的作用。“腧穴所在，主治所及”，每个腧穴可以治疗所在部位的浅表和内脏疾患，即近作用，如太溪位于内踝处，能主治内踝肿痛。除此以外，每一个腧穴还有它不同的属性和特性，即是属于同一条经的腧穴，在主治上都有它的共同点，属于哪经的穴位，都可以治疗本经的疾病，例如前面提到的太溪穴，由于它归属于足少阴肾经，且为肾经之输穴、原穴，经气输注之处，肾经又通向脊柱，故太溪除了可以治疗内踝痛外，还可治疗腰脊痛。另外，每一腧穴在治疗上除共同点外，还有其特殊作用，即特性，如合谷为汗穴，内关为吐穴，丰隆为痰穴，气海、关元为补气之穴，足三里为保健穴等。
掌握依法定方，据证选穴
程莘农认为针灸处方配穴规律与方剂的君、臣、佐、使配伍原则基本相似，配穴乃某穴之特性与他穴之特性互相佐使，而成特效之用，犹之用药，某药为主，某药为辅，相得益彰也。例如，“补中益气”，用药用补中益气汤，用穴则用百会（相当于升麻、柴胡）、关元（相当于人参）、气海（相当于黄芪）、足三里（相当于白术）。“心肾不交”，方剂选用交泰丸以交通心肾，以黄连为君，肉桂为臣，而针灸即可选取心经和肾经原穴，神门为君，太溪为臣，也可取心经经穴神门和肾经经穴太溪，还可取心包经八脉交会穴内关和足三阴经交会穴三阴交，又可取背部的心俞和肾俞，此乃穴药殊途同归之理。
程莘农重视据证按经取穴，强调要掌握这种方法，必须充分了解脏腑生理、病理、经络循行路线、阴阳、五行、表里关系、腧穴特性等，才能灵活应用。按经取穴治疗复杂疾病的效果较局部取穴明显，可单独使用，也可配合使用，主要包括本经取穴、异经取穴（表里经取穴）、五输取穴法。按症选穴是指对某些疾病的症状和表现，形成其经验选穴方法。如大凡风证，程莘农多取风池，风池既疏散外风，又平息内风，内外兼治；“气虚则麻，血虚则木”，上肢麻木取外关、后溪，下肢麻木取中渎、悬钟；尿检化验出现红细胞常取血海，出现白细胞常取大椎、足三里；出现蛋白常取阴陵泉、三阴交。如程莘农治疗中风后遗症弛缓性软瘫属虚证者，先取大椎、大杼、肩髃、曲池、合谷以振奋阳气，疏通经络；伴有上肢下垂，瘛疭无力，不能上举，加天宗、肩髎、臑俞；下肢软弱无力，手足无力加后溪、申脉；有足内翻或足外翻者，加照海、申脉，但足内翻者常泻照海，补申脉，外翻者泻申脉，补照海，等等。
程莘农认为辨证益精，治疗益专，应坚持守法守方治疗，不宜轻易变更。因为治疗疾病是由量变到质变的过程，慢性病需坚守原方治疗较长时间才能获效。针灸临床取穴的多少亦应以证为凭，以精为准，以适为度，以效为信，取穴多少，当以大、小、缓、急、奇、偶、复为原则，不能胶柱鼓瑟，故临床取穴时，少则一二穴，多达十几二十穴。