三焦主人体气机运行的通道和水液代谢转化输布的道路。人体最基本的功能如呼吸、饮食运化、水液代谢、分清泌浊以及二便排泻的正常运行都与三焦功能的水平密切相关。所以关于内伤杂病的治疗只要涉及三焦，就当以调理人体气机为核心。
上焦为心肺所居之处，《灵枢·营卫生会》云：“上焦出于胃上口，并咽以上，贯膈、而布胸中……”，又言及其生理功能特征为“上焦如雾”，功能主呼吸及气血运行，且以宗气运行为主。上焦发生病变多以咳嗽、胸闷、气短、心悸、心前区不适等症状为主。针灸治疗以补益心肺，调理气机为法，临床主要取穴为膻中、列缺、神门、内关等，针法取“治上焦如羽”之意，以轻浅补法为主。
中焦所指以脾胃为主，肝胆当归于中焦或是下焦目前尚有争论，但《灵枢·营卫生会》说：“中焦亦并胃中，出上焦之后，此所受气者，泌糟粕，蒸津液，化其精微，上注于肺脉乃化而为血，以奉生身。”根据其功能描述，中焦似指脾胃而言。其主要功能为运化水谷，升清降浊，其病则出现胃脘痛或胃脘不适、痞满、纳呆、恶心等临床症状。
针灸治疗以健脾和胃，调理中焦为原则，主要取穴为中脘、章门、脾俞、胃俞、内关、足三里等，针刺宜在中层，以和为法，或可用灸法。
《灵枢·营卫生会》中言：“下焦者，别回肠，注于膀胱，而渗入焉……”下焦的主要生理功能以大肠和膀胱的功能为主，可将饮食的一部分输送到回肠，再由后阴排出体外；另外将无用的水液渗入膀胱。因此，下焦病变主要表现为二便的障碍，如大便不爽，或便秘，小便淋沥，阴部湿疹，痛风，腹胀等。
针灸治疗以清利下焦，理气通腑，分清降浊为治疗原则。主要取穴为关元、中极、大肠俞、三焦俞、上巨虚等，针刺以深刺久留，泻法为主，久病阳虚可用灸法。