纵观中医药学发展史，各个学科共同的理论基础均是经络理论，但随着历史的演变和各种社会因素的影响，针灸学仍停留在以单一经络辨证指导临床的阶段，甚至陷入了重腧穴轻辨证轻手法的不利局面。虽然，经络辨证体系在诊查和治疗本经病与表里经病时具有极大的便捷性和准确性，但随着现代人群疾病的日益复杂化，经络辨证体系在疾病的定位及传变顺序方面显得力不从心。
笔者认为，中医内科学所运用的八纲、气血津液、脏腑、六经、卫气营血、三焦辨证等，都是基于经络理论发展起来的，并达到了非常完善的状态；因此，在针灸临床中借鉴和使用这些辨证论治理论，具有重要的意义。故笔者根据临床经验及各种文献资料，以六经辨证、脏腑辨证、三焦辨证为重点谈谈不同辨证方法在针灸临床过程中的运用，以达抛砖引玉之功。
六经辨证的运用
《伤寒论》中的六经辨证以阴阳为纲，即三阴三阳总统于六经，先论病发于阴或阳，再探究病位所在、病情所属、病势进退、预后转归。《伤寒论》中有大量运用针灸疗法的记载，说明在张仲景时代，运用六经辨证体系指导针灸临床已是成熟而被广泛使用了的。
太阳病的针灸治疗
太阳为寒水之经，太阳之脉上至风府，下达腰脊，具有统摄营卫，主一身之表的作用。外邪侵袭人体，太阳首当其冲，导致营卫不和，卫外失司，正邪交争于表，表现为“太阳之为病，脉浮，头项强痛而恶寒”。
太阳经证的本质在于风寒袭表，营卫不和。因此，针灸治疗太阳经证的原则在于解表散郁，调和营卫。由于督脉总摄诸阳且维系元阳，卫阳郁而化热，故取穴时除太阳经穴外，尚需取督脉腧穴以清泻郁热。主要取穴为大杼、风府、风门、申脉、后溪、百会、大椎，针以泻法。
阳明病的针灸治疗
阳明经之提纲证为“胃家实也”。燥气是阳明之腑的基本生理特性，不足则为溏泄，太过则为结硬。阳明是阳气最盛的阶段，阳明经证是正气与邪气交争最剧烈的极期阶段，病变进入胃腑较深的层次，机体脏腑功能表现为亢进的状态。表现为高热，不恶寒，反恶热，面赤，脉洪大等阳热亢盛、邪热弥漫，以及腑气不通导致的痞、满、燥、实、坚的里实热证。
根据阳明病证“满”、“实”的特点，针灸治疗当“除满去实”，以清下二法为主治原则。单针不灸，施以泻法，主要取穴为曲池、合谷、足三里、内庭、天枢、复溜、大椎、大肠俞等。
少阳病的针灸治疗
少阳之腑性喜疏泄，其气主枢。少阳病证已离太阳之表，尚未入阳明之里，居于表里之间。外邪侵犯少阳，胆火上炎，枢机不运，胆汁上逆以致口苦，灼耗津液发为咽干，上扰清窍而为目眩，是为少阳提纲证“口苦，咽干，目眩也”。临床表现为口苦，咽干，寒热往来或寒热错杂，胸胁苦满，默默不欲饮食，欲呕，头晕目眩，心烦等。
少阳病证的治疗核心在于“和解”二字，针灸治疗当以“解表清里，和解少阳”为法。主要取穴为足临泣、外关、大椎、风池、期门、太冲等。针灸治疗刺激量不宜过大，切记注意“和解”之意。
太阴病的针灸治疗
太阴者，湿为本气。无湿气则太阴之土无生化之能，而其湿化，有赖脾阳的运化与输布。倘阳不胜阴，阳明燥化不及，则寒湿停聚，内困脾阳，导致太阴之提纲证“腹满而吐，食不下，自利益甚，时腹自痛”。
病入三阴，以虚寒病变为主，太阴病是三阴病的开始阶段，其特点为腹胀满而又大便下利，但气化未伤，津液犹能上承，针灸治疗以“温扶中阳，运化寒湿”为原则。主要取穴为中脘、神阙、天枢、脾俞、足三里、阴陵泉等，针以补法，兼行艾灸治疗。
少阴病的针灸治疗
少阴本热而标阴，中见太阳寒气之化。疾病发展至少阴阶段，累及元阴元阳，真气受损，机体抗病能力明显减弱，以阳虚的寒化证为主，故其提纲证为“脉微细，但欲寐”，临床表现为阳气衰微，鼓动无力，阴血不足，脉道不充，则脉微细，心肾虚衰，阴寒内盛，正为邪困，出现似睡非睡，昏沉模糊之但欲寐。
针对少阴病证的针灸治疗，根据其病理特点，采用扶阳与育阴二法兼治阴阳。少阴寒化则重灸，少阴热化则清补，主要取穴为关元、气海、神阙、肾俞、命门、太溪、神门、三阴交等。
厥阴病的针灸治疗
厥阴既可受纳阴气，又能传输阳气，厥阴病证是六经病证的最后阶段，处在阴尽阳生的转化时期，进退于阴阳之间，是以寒热错杂、阴阳对峙的证候表现为主要特点，具体表现为肝木内郁，肝阳化火，肝气横逆，挟相火上冲，灼伤津液，火热聚于上，虚寒凝于下。厥阴病证的临床表现多而复杂，其提纲证中涵盖了数种临床表现——“消渴，气上撞心，心中疼热，饥而不欲食，食则吐蛔，下之，利不止”。
厥阴病证错综复杂，针灸治疗亦当审时度势，以疏调气血、泻热降逆、柔肝和胃为原则，随症治之。主要取穴为太冲、合谷、内关、大陵、巨阙、足三里、中脘等。
针灸疗法的核心在于调气调血，而气血是人体一身阴阳的核心，六经辨证体系重点研究的是人体阴阳在疾病变化过程中的消长规律，施以针灸调整人体气血是最为迅捷之法。根据不同阶段选取不同腧穴，或针、或灸、或刺血，掌握了提纲证的针灸治法，就可知常达变；对于各经病证的各种兼证可选取相应配穴和适宜针灸治法予以治之。
脏腑辨证的运用
勿庸置疑，经络理论是中医内科学和针灸学的基础，人体正常生理功能和病理变化则是通过与之络属的脏腑器官的表现表达出来的。因此，当人体发生病理变化时，仅仅关注人体经络的“动”显然是不够的，必须同时关注所“动”经络络属的脏腑的各种变化，并作为立法、处方的依据才是客观而全面的。
另外，错综复杂的疾病的各种临床表现往往不局限于一条经脉的“所主病”及“是动则病”，往往涉及多条经脉、多个脏腑，可为全面的脏腑辨证提供补充并深化经络辨证体系。
脏腑辨证能够更好地指导循经取穴。这一针灸治疗思路的基础在于脏腑、经络、腧穴紧密相关的理论。在某一脏腑病变时，取与之隶属的经脉上的腧穴进行治疗。如胁痛(胆囊炎)，取胆经的经穴；哮喘属肺的病变，取肺经经穴等。
脏腑辨证能够更加丰富针灸治疗的内涵。针灸作为一种无实质药物进入体内的治疗方法，过去将其效应机理归结为对经气的调整，但事实上，仅就腧穴的特殊性而言，这种说法就过于将针灸作用简单化了。
在临床过程中，针灸取穴虽然基本都遵循局部(邻近)与循经远端取穴相结合的原则，但具体选择什么穴位，都体现了脏腑辨证的理论内容。
首先是特定穴的选用，如：治疗五脏病时，多取相应经脉的原穴，同时配合俞募配穴；治疗六腑病时多取募穴和下合穴；而脏腑兼证或表里经同病时，取络穴或原络配穴。
另外，在治疗某些与脏腑相关的组织器官病变时，依据脏腑辨证进行配穴，如治疗胃火牙痛，取内庭清泻胃火；治疗阴虚阳亢型眩晕(高血压)时，补太溪以滋肾水、泻太冲以平肝木。
脏腑辨证能够指导针灸补虚泻实。经脉“所主病”、“是动则病”中的内容未能明确体现人体经脉及脏腑的虚实变化；因此，通过脏腑辨证辨清脏腑虚实之后，再结合腧穴的特定属性（背俞穴偏补，十二井穴偏泻）决定补泻方法，能够更好地发挥针灸的临床疗效。
此外，对于具体的选穴、配穴也具有指导意义，如：利用五输穴五行属性（阴井木，阳井金）进行本经补泻、异经补泻，从而实现“虚者补其母”、“实者泻其子”的治疗原则和效果。