耳穴按摩在临床上所治疗的疾病很广，不仅用于治疗许多功能性疾病，而且对一部分器质性疾病，也有一定的疗效。耳穴按摩的适应证举例如下：
1．各种疼痛性病症：如头痛、偏头痛、三叉神经痛、肋间神经痛、坐骨神经痛等神经性疼痛；扭伤、挫伤、落枕等外伤性疼痛；五官、颅脑、胸腹、四肢各种外科手术后所产生的伤口痛；麻醉后的头痛、腰痛等；手术后遗痛及带状疱疹引起的疼痛均有较好的止痛作用。
2．各种炎症性病症：如急性结合膜炎、中耳炎、牙周炎、咽喉炎、扁桃体炎、腮腺炎、气管炎、肠炎、盆腔炎、风湿性关节炎、面神经炎、末梢神经炎等有一定的消炎止痛功效。
3．一些功能紊乱性病症：如眩晕症、心律失常、高血压、多汗症、肠功能紊乱、月经不调、遗尿、神经衰弱、癔症等具有良性调整作用，促进病症的缓解和痊愈。
4．变态反应性病症：如过敏性鼻炎、哮喘、过敏性结肠炎、荨麻疹等有消炎、脱敏、改善免疫功能的作用。
5．内分泌代谢性病症：如单纯性甲状腺肿、甲状腺功能亢进、经绝期综合征等，按摩耳穴有改善症状、减少药量等辅助治疗作用。
6．一部分传染性病症：如菌痢、疟疾、青年扁平疣等，按摩耳穴能恢复和提高机体的免疫防御功能，以加速疾病的治愈。
7．各种慢性病症：如腰腿痛、肩周炎、消化不良、肢体麻木等，按摩耳穴可以改善症状，减轻痛苦。
耳穴按摩除适用于上述病症外，还可用于妇产科方面，如催产、催乳等。也能用于预防感冒、晕车、晕船，以及预防和处理输血、输液反应。还可用于戒烟、减肥。国外还用于戒毒等。