如果经穴不存在特异性，针灸基础理论即遭质疑和否定。近年来，德国、荷兰、英国等国科学家对此曾开展研究，涉及偏头痛、慢性顽固性哮喘、下背痛、戒烟等相关领域，诸如“针灸疗效不肯定，穴位与非穴位之间无差异”的一些结论，在国际学术界影响颇大。
针灸经络上的穴位是否具有特异性的疗效？这是关系到针灸学科发展的关键科学问题。梁繁荣教授主持的“经穴效应特异性循证评价及生物学基础研究”项目，经过十几年相关领域研究积累和开拓进取，运用多学科研究方法，通过文献、临床和基础研究，系统证实了经穴效应存在特异性，并深入阐释了其科学内涵。项目由此获得2012年度国家科技进步二等奖，是近年来中医针灸基础理论研究获得的最高科技奖励。
梁繁荣长期以来潜心针灸经穴特异性研究，是针灸学领域首位973项目首席科学家。他率领的创新团队汇聚了中国中医科学院针灸研究所、北京大学、复旦大学、华中科技大学、北京中医药大学等多学科专家，专业涉及针灸学、内科学、神经科学、神经生物学、分子生物学、生物物理学、医学影像学、生物医学工程、流行病学等领域。
项目组研究证实经穴效应存在特异性。他们采用循证医学、系统生物学、神经影像学、代谢组学等多学科技术和方法，深入系统地开展文献挖掘与评价、临床循证评价、生物学基础研究，从针刺适宜病症偏头痛、功能性消化不良（FD）、原发性痛经等入手，系统地证实经穴效应特异性的存在，并发现其表现特点：经穴与非穴效应迥异，本经穴与他经穴效应不同，本经特定穴与非特定穴效应存在差异。以偏头痛为例，在针刺经穴2小时后急性偏头痛患者的疼痛症状明显缓解，慢性偏头痛患者则在治疗8周后表现出疗效的持续性。
研究还发现，经穴特异性具有相对性、循经性、持续性和条件性等规律。项目组遵循循证医学原理与临床GCP 原则，实施2670例多中心大样本随机对照试验，并综合文献评价和生物学基础研究等结果，发现经穴特异性具有相对性、持续性、循经性和条件性等规律。“针对相对特异的病种，选取相对特异的穴位，获得相对较好的疗效”、经穴特异性效应比安慰效应维持时间更长，越到后期越明显”、“循本经取穴效应优于非循经取穴”、“经穴效应特异性的发挥与穴位状态、疾病病种、穴位配伍、针刺手法等有关”等研究结论夯实了针灸科学根基。
项目组取得的具有原创性的重要研究成果包括，发现经穴效应特异性与穴位敏化状态相关：生理情况下经穴处于“沉寂”状态，疾病情况下处于“激活”状态；内脏病变时体表会出现以压痛为主的敏感点，这种敏化现象与治疗相关疾病的常用穴位关系密切，疾病状态时经穴效应特异性表现更为显著。
项目组研究还证实，穴位与非穴位在肥大细胞分布、胶原形态、元素含量等存在差异，肥大细胞脱颗粒是经穴效应特异性发挥的重要始动信号之一，阐释了穴位肥大细胞、胶原纤维和神经感受器在针刺过程中的作用机制；经穴特异性的中枢整合以靶向性调节为特征；经穴对疾病关键代谢产物的调整效应和针对性明显优于非穴。
项目组应用、构建了科学研究模式和方法体系，为经穴特异性研究提供了可借鉴的方法学平台。他们将循证医学原理和方法同传统针灸理论和特点相融合，提出“循证针灸学”概念，构建高质量针灸证据产生、评价、合理运用的方法，并进一步提出了综合针灸文献证据、临床证据和实验证据构建高质量针灸证据的研究模式。项目组还构建了针灸证据数据仓库，开发用于经穴效应特异性规律提取的数据挖掘系统和基于循证针灸决策模式的临床循证诊疗决策支持系统。