腧穴是脏腑经络之气流注过程中，气血会聚出入转输分流的部位，因此它的功能就与经络系统的功能分不开。既然经络“内属脏腑，外络肢节”，那么它则有沟通内外，调气血和阴阳，祛病疗疾，防患于未然的功能。
一、调气血和阴阳
腧穴居于体表，是体内外相通的重要部位。经络系统的皮部也分布于体表，它有运行、渗灌气血的作用。无论十四经上的腧穴，还是位于其他部位的奇穴，都是气血汇聚、转输的地方，全具有调节气血的功能。《素问·调经论》说：“夫阴与阳皆有俞会，阳注于阴，阴满于外，阴阳匀平，以充其形。”是说阴经和阳经上都有腧穴，阳经的气血输注于阴经，阴经的气血输注于阳经，并互相调和气血的部位。因此，阴阳经脉之间的相互联系在腧穴。阴阳经脉气血的平衡，起协调作用的是腧穴。所以，在治疗中腧穴能从阴引阳，从阳引阴。
二、祛病疗疾，防患于未然
居体表的腧穴是人体的门户，当大自然的气候条件超过人体适应能力时，机体就会生病。通过体表使人生病的因素中医称之为“邪气”，医生可以在体表的腧穴施用针灸的方法，达到祛病疗疾的目的。腧穴除了能治疗疾病外还能健体强身，如在人体的一些腧穴如三阴交、足三里、气海、关元等，用针灸的方法施用补法或用灸法，有防患于未然的功能。